Identifikation von Schlüsselgenen in der Pathogenese Myelodysplastischer Syndrome (MDS) mittels "high-density" Genomanalyse

• Applicant: Professor Dr. Daniel Nowak
• Subject Area: Hematology, Oncology
• Term: from 2007 to 2009
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 50848630

Das Myelodysplastische Syndrom (MDS) ist eine klonale Knochenmarkserkrankung, die durch eine Blutbildungsstörung gekennzeichnet ist und im Verlauf in ca. 50% der Fälle in eine Akute Myeloische Leukämie (AML) transformieren kann. Es gibt zahlreiche Hinweise dafür, dass die Entstehung eines MDS auf die Akkumulation genetischer Schäden in hämatopoetischen Zellen des Knochenmarks zurückzuführen ist. Über die Art dieser Läsionen ist bisher jedoch nur wenig bekannt. Kürzlich wurde mit der Einführung von 500K SNP mapping arrays eine sehr robuste Technologie auf der Basis von microarrays entwickelt, die erstmals eine detaillierte gesamtgenomische Analyse dieser genetischen Veränderungen erlaubt. Mit diesen microarray Chips können insgesamt 500.000 SNPs (single nucleotide polymorphisms) in genomischer DNA abgefragt werden, was einer medianen Abtastungsdichte von ca. 2500 kb entspricht, und somit kann fast jedes Gen im gesamten Genom erfasst werden. Durch die Intensitätsmessungen auf dem Chip können kleinste Verluste oder Multiplikationen genetischen Materials delektiert werden. Die Erstellung des Genotyps durch die SNP Kartierung erlaubt darüber hinaus die Feststellung von Loss of Heterozygosity (LOH) oder uniparentaler Disomie (UPD). In diesem Forschungsprojekt stehen über 250 anonymisierte Proben genomischer DNA aus Knochenmark von MDS Patienten mit entsprechender klinischer Information für die Untersuchung mit 500K Chips zur Verfügung. Durch die hochauflösende genetische Untersuchung dieser Proben sollen aberrante Gene im MDS identifiziert werden und möglicherweise neue prognostische Marker für die Erkrankung erstellt werden. Des Weiteren könnten möglicherweise ein neues Subklassifizierungssystem entwickelt und neue Zielgene für molekulare Therapien entdeckt werden.

• DFG Programme: Research Fellowships
• International Connection: USA
• Host: Professor Dr. Phillip Koeffler