Quantifizierung phosphorylierter Proteine von Formalin-fixierten Geweben
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Seit Jahrzehnten werden weltweit Formalin-fixierte und in Paraffin-eingebettete (FFPE) Gewebeproben routinemäßig zur histopathologischen Krankheitsdiagnose verwendet. Der vorherrschenden Meinung internationaler Forscher zufolge sind jedoch FFPE-Gewebeproben für quantitative Proteomanalysen, insbesondere Signalwegsuntersuchungen, nicht geeignet. Basierend auf den Ergebnissen im Erstantrag, konnten wir innerhalb des Förderzeitraumes des Nachfolgeantrages ein Protokoll erarbeiten, mit dem die quantitative Analyse deregulierter Signalwege in FFPE Gewebeproben verlässlich durchgeführt werden kann. Besonderns zu betonen ist, dass bei unserem Verfahren der Routineablauf in den Krankenhäusern nicht wesentlich verändert werden muss. Mittels Proteinmikroarrays konnten wir beispielsweise zeigen, dass die Proteinexpression von Snail, ein Repressor des Zelladhäsionsmoleküls E-cadherin, in Endometrium- und Ovarialkarzinomen durch die aktivierte Form des epidermalen Wachstumsfaktor Rezeptors (EGFR) erhöht wird. Als daran beteiligte Signalmoleküle identifizierten wir u.a. PAK1 (p21-activated kinase), GSK3ß (glycogen synthase kinase 3beta) und ERK (extracellular regulated kinase). Neue so genannte „zielgerichtete Therapien“ richten sich häufig gegen Regulatoren für Wachstumssignale. Attraktive Zielmoleküle bei Tumoren sind Kinasen, entweder als Rezeptoren oder nachgeschaltete Signalmoleküle. Mit unserem Verfahren ist es nun möglich ein individuelles Signalprofil jedes Patienten im klinischen Routineprozess zu erstellen, was in Zukunft eine optimale Patienten- und Therapieselektion gewährleisten kann. Die Ergebnisse dieses Projektes sind die Basis für unsere weitergehenden anwendungsbezogenen Studien innerhalb des EU-Projektes „SPIDIA“ (www.spidia.de) und im Rahmen des Nationalen Genomforschungsnetzes (NGFN-Transfer) (www.ngfn.de).
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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Extraction of phosphorylated proteins from formalin-fixed cancer cells and tissues. The Open Pathology Journal 2008, 2, 46-52
Becker KF, Mack H, Schott C, Hipp S, Rappl A, Piontek G, Höfler H
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Guided protein extraction from formalin-fixed tissues for quantitative multiplex analysis avoids detrimental effects of histological stains. Proteomics Clin. Appl. 2008, 2, 737–743
Becker KF, Schott C, Becker I, Höfler H
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Activation of epidermal growth factor receptor results in snail protein but not mRNA overexpression in endometrial cancer. J Cell Mol Med. 2009 Sep;13(9B):3858-67
Hipp S, Walch A, Schuster T, Losko S, Laux H, Bolton T, Höfler H, Becker KF
