MALDI-TOF-TOF Massenspektrometer mit offline nano-HPLC-System
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Die Zentrale Bioanalytik stellt eine bioanalytische Plattform innerhalb des Zentrums für Molekulare Medizin Köln dar, die Serviceleistungen in der massenspektrometrischen Proteinanalytik auf Rechnungsbasis anbietet. Neben routinemäßiger gel-basierender oder gel-freier Proteinidentifizierung durch LC-MS/MS unterstützen wir im Rahmen differentieller Proteomikstudien sowohl in vivo (SILAC) als auch in vitro-Markierungstechniken, wie iTRAQ und ICPL, unter Einsatz des UltrafleXtreme MALDI-TOF-TOF-Massenspektrometers. Ein weiterer Fokus ist die ortsspezifische Analyse posttranslationaler Proteinmodifikationen, die durch die Verfügbarkeit alternativer Fragmentierungsmodi (wie in-Source Decay oder Post-Source Decay in der MALDI-MS) verbessert wird, so dass insbesondere labil gebundene Modifikationen, wie glykosyliertes Ser/Thr ortsspezifisch erfasst werden können. Die N-terminale Top-down Proteinsequenzierung wird nicht mehr im Edman-Abbau, sondern durch In-Source-Decay im MALDI-TOF-MS durchgeführt und bietet die Möglichkeit von Leitersequenzierungen vom N- wie auch C-Terminus. Neben der Auftragsanalytik für die im ZMMK angesiedelten Gruppen ist die ZMMK-Bioanalytik als zentraler Kooperationspartner in zwei wissenschaftliche Konsortien als Z-Projekt einbezogen, den SFB 635 (Posttranslational Control of Protein Function) und die Forschergruppe FOR 1228 (Molecular Pathomechanisms of Myofibrillar Myopathies). Im Rahmen der letzteren haben wir eine neue technische Plattform etabliert, bei der subzelluläre Areale in Gefrierschnitten von Muskelgewebe durch Laser-Mikrodissektion präpariert und durch quantitative Proteomik im iTRAQ/MALDI-TOF-Verfahren differentiell vermessen werden, um aggregiertes Protein in myopathischen Plaques zu identifizieren.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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Strumpellin is a novel valosin-conraining protein binding partner linking hereditary spastic paraplegia to protein aggregation diseases. (2010) Brain 133, 2920-2941
Clemen, C.S., Tangavelou, K., Strucksberg, K.H., Just, S., Gaertner, L., Regus-Leidig, h., Stumpf, M., Reimann, J., Coras, R., Morgan, R.O., Fernandez, M.P., Hofmann, A., Müller, S., Schoser, B., Hanisch, F.-G., Rottbauer, W., Blümcke, I., von Hörsten, S., Eichinger, L., Schröder, R.
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Dipeptidyl peptidase 4 is a novel adipokine potentially linking obesity to the metabolic syndrome. (2011) Diabetes 60, 1917-1925
Lamers, D., Famulla, S., Wronkowitz, N., Hartwig, S., Lehr, S., Ouwens, D.M., Eckardt, K., Kaufmann, J.M., Ryden, M., Müller, S., Hanisch, F.-G., Ruige, J., Arner, P., Sell, H., Eckel, J.
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Top-down sequencing of O-glycoproteins by insource decay matrix-assisted laser desorption ionization mass 4837 spectrometry for glycosylation site analysis. (2011) Anal. Chem. 83, 4829-4837
Hanisch, F.-G.
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Identification and validation of novel adipokines released from primary human adipocytes. (2012) Mol. Cell. Proteomics 11, M111.010504
Lehr, S., Hartwig, S., Lamers, D., Famulla, S., Müller, S., Hanisch, F.-G., Cuvelier, C., Ruige, J., Eckardt, K., Ouwens, D.M., Sell, H., Eckel, J.
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Patient-specific protein aggregates in myofibrillar myopathies: laser-microdissection and differential proteomics for identification of plaque components. (2012) Proteomics 12, 3598-3609
Feldkirchner, S., Schessl, J., Müller, S., Schoser, B., Hanisch, F.-G.
