DNA-Sequenzer
Final Report Abstract
Der Sequenzer wird zur Zeit vorrangig für drei Typen von Projekten eingesetzt: Erstens wird das Gerät für Chromatin-Immuno-Präzipitationen eingesetzt, um Bindestellen von Transkriptionsfaktoren zu kartieren. Das setzen wir vor allem für Faktoren der Myc-Familie und ihrer Partnerproteine ein. Parallel wurde das Gerät in Kooperationen zur Kartierung von Bindestellen von Faktoren der Stat- und der Hey-Proteine eingesetzt. Zweitens wird das Gerät für RNA-Sequenzierungen eingesetzt, vor allem auch zur Identifizierung von kleinen und nicht polyadenylierten RNAs. Drittens wird das Gerät eingesetzt, um shRNA-Screening Technologien zu entwickeln und zu optimieren. Bei dieser Technologie werden Zellen mit gepoolten lentiviralen shRNA-Bibliotheken infiziert und Änderungen in der Repräsentanz einzelner shRNAs werden als Maß benutzt, wie diese shRNA die "Fitness" der Zellen unter den gegebenen experimentellen Bedingungen beeinflusst. Die dazu notwendigen Technologien und statistischen Auswertungen sind etabliert. Mehrere dieser Projekte in verschiedenen Kooperationen sind durchgeführt worden und die Hits werden zur Zeit funktional analysiert. Viertens ist das Gerät in verschiedenen Kooperationen eingesetzt worden, zum Beispiel um Mutationen im multiplen Myelom zu finden.
Publications
- (2012) Target gene analysis and chromatin immunoprecipitation identifies Hey proteins as highly redundant bHLH repressors. PLoS Genetics 8 (5):e1002728
Heisig, J., Weber, D., Englberger, E., Kneitz,S., Sung, W.-K., Wolf, E., Eilers, M., Wei,C.-L., and Gessler, M.
- (2013) Multiple myeloma is affected by multiple and heterogeneous mutations in adhesion- and receptor tyrosine kinase signaling molecules. Blood Cancer J. e102
Leich E, Weißbach S, Klein HU, Grieb T, Pischimarov J, Stühmer T, Chatterjee M, Steinbrunn T, Langer C, Eilers M, Knop S, Einsele H, Bargou R, Rosenwald A
(See online at https://doi.org/10.1038/bcj.2012.47)
