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Massenspektrometer mit nano-LC-System

Subject Area Medicine
Term Funded in 2009
Project identifier Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 149608332
 
Final Report Year 2013

Final Report Abstract

Das angeschaffte Massenspektrometer wurde sowohl im Institut für Toxikologie als auch im Rahmen der Core-Facility Proteomics der MHH für eine Vielzahl unterschiedlicher Projekte eingesetzt. Pro Jahr werden mehr als 2000 LC-MS-Analysen mit diesem Massenspektrometer durchgeführt, so dass eine Auslastung von annähernd 100 % erreicht wird. Wissenschaftlich wurden die im Folgenden aufgelisteten Projekte maßgebliche durch dieses Gerät unterstützt: Wirkung von bakteriellen Proteintoxinen auf Wirtszellen Einfluss der Sumoylierung auf Signalmoleküle; Funktionen der Clostridium botulinum Neurotoxine; Einfluss der Phosphorylierung auf regulatorische Prozesse; Biomarkersuche beim „Bronchioliltis Obliterans Syndrom“ nach Lungentransplantation; Proteomuntersuchungen bei Mykobakterien; micrRNA Effekte in Zellen der Akuten Lymphoblatischer Leukämie; Proteomanalyse von Pflanzenzellen; Neue Funktionen von cyclischen Nukleotid-Monophosphaten Serumproteomics bei Nutztieren; Proteininteraktionsstudien beim Cytomegalovirus; Protein/Protein-Interaktionsstudien bei DNA-bindenden Proteinen. Über die vielseitigen wissenschaftlichen Projekte hinaus wurde das Massenspektrometer für Dienstleistungsarbeiten im Feld der Proteinanalytik eingesetzt. In erster Linie wurden Proteine und ihre posttranslationalen Modifikationen identifiziert, aber auch individuelle Proteine in komplexe Proben charakterisiert. Zudem kam das Gerät bei Laborpraktika in der Studentenausbildung zum Einsatz und es wurden einige kleinere Projekte mit Unternehmen durchgeführt.

Publications

  • Autoproteolytic cleavage mediates cytotoxicity of Clostridium difficile toxin A. (2011) Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 383:253-262
    Kreimeyer I, Euler F, Marckscheffel A, Tatge H, Pich A, Olling A, Schwarz J, Just I, Gerhard R
    (See online at https://doi.org/10.1007/s00210-010-0574-x)
  • Bronchoalveolar lavage fluid of lung cancer patients: mapping the uncharted waters using proteomics technology. (2011) Lung Cancer 72: 136-138
    Oumeraci T, Schmidt B, Wolf1 T, Zapatka M, Pich A, Brors B, Eils R, Michael Fleischhacker M, Brigitte Schlegelberger B, von Neuhoff N
    (See online at https://doi.org/10.1016/j.lungcan.2011.01.015)
  • Effects of Clostridium difficile Toxin A on the proteome of colonocytes studied by differential 2D electrophoresis. (2011) J Proteomics 75, 469-479
    Zeiser JJ; Klodmann J; Braun HP; Gerhard R; Just I; Pich A
    (See online at https://doi.org/10.1016/j.jprot.2011.08.012)
  • Endo- and exopolygalacturonases of Ralstonia solanacearum are inhibited by polygalacturonase-inhibiting protein (PGIP) activity in tomato stem extracts. (2011) Plant Physiology and Biochemistry 49: 377-87
    Schacht T, Unger C, Pich A, Wydra K
    (See online at https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2011.02.001)
  • Impact of clostridial glucosylating toxins on the proteome of colonic cells determined by isotope-coded protein labeling (ICPLTM) and LC-MALDI, (2011) Proteome Sci 9:48
    Jochim N, Gerhard R, Just I, and Pich A
    (See online at https://doi.org/10.1186/1477-5956-9-48)
  • Proteomic bronchiolitis obliterans syndrome risk monitoring in lung transplant recipients. (2011) Transplantation, 94: 477-485
    Wolf T, Oumeraci T, Gottlieb J, Pich A, Brors B, Eils R, Haverich A, Schlegelberger B, Welte T, Zapatka M, Neuhoff N
    (See online at https://doi.org/10.1097/TP.0b013e318224c109)
  • Site-directed mutagenesis of the {chi} subunit of DNA polymerase III and single-stranded DNA-binding protein of E. coli reveals key residues for their interaction. (2011) Nucleic Acids Res. 39: 1398-1407
    Naue N, Fedorov R, Pich A, Manstein DJ, Curth U
    (See online at https://doi.org/10.1093/nar/gkq988)
  • The biological activity of botulinum neurotoxin type C is dependent upon novel types of ganglioside binding sites. (2011) Mol Microbiol, 81:143-156
    Strotmeier J, Gu S, Jutzi S, Mahrhold S, Zhou J, Pich A, Eichner E, Bigalke H, Rummel A, Jin R, Thomas Binz T
    (See online at https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2011.07682.x)
  • The effect of detergent-based decellularization procedures on cellular proteins and immunogenicity in equine carotid artery grafts. (2011) Biomaterials, 32, 9730-9737
    Boer U, Lohrenz A, Klingenberg M, Pich A, Haverich A, Wilhelmi M
    (See online at https://doi.org/10.1016/j.biomaterials.2011.09.015)
  • The human cytomegalovirus UL11 Protein interacts with the receptor tyrosine phosphatase CD45, resulting in functional paralysis of Tcells. (2011) PLoS Pathog. 7
    Gabaev I, Steinbrück L, Pokoyski C, Pich A, Schwinzer R, Schulz TF, Jacobs R, Messerle M, Kay-Jackson PC
    (See online at https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002432)
  • The SCFFbxw5 E3-ubiquitin ligase is regulated by Plk4 and targets HsSAS-6 to control centrosome duplication. (2011) Nature Cell Biol 13:1004-1009
    Puklowski A, Yahya H, Keller D, May M, Chauhan S, Kossatz-Böhlert U, Grünwald, V, Kubicka S, Pich, A, Manns MP, Hoffmann I, Gönczy P, Malek NP
    (See online at https://doi.org/10.1038/ncb2282)
  • Binding of regulatory subunits of cyclic AMP-dependent protein kinase to cyclic SMP Agarose. (2012) PLoS ONE, 7(7): e39848
    Hammerschmidt A, Chatterji B, Zeiser J, Schröder A, Genieser HG, Pich A, Kaever V, Schwede F, Wolter S, Seifert R
    (See online at https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039848)
  • LC-MS-based secretome analysis of Clostridium difficile strains. (2012) Arch Microbiol. 194, 675-687
    Boetzkes A, Felkel KW, Jochim N, Zeiser J, Just I, and Pich A
    (See online at https://doi.org/10.1007/s00203-012-0802-5)
  • Proteomic and physiological responses of the halophyte Cakile maritima to moderate salinity at the germinative and vegetative stages. (2012) J Proteomics 75, 5667-5694
    Debez A, Braun HP, Pich A, Taamalli W, Koyro HW, Abdelly C, Huchzermeyer B
    (See online at https://doi.org/10.1016/j.jprot.2012.08.012)
  • Proteomic evaluation of sheep serum proteins. (2012) BMC Veterinary Research. 8, 66-71
    Chiaradia E, Avellini L, Tartaglia M, Gaiti A, Just I, Scoppetta F, Czentnar Z and Pich A
    (See online at https://doi.org/10.1186/1746-6148-8-66)
  • Release of TcdA and TcdB from Clostridium difficile cdi 630 is not affected by functional inactivation of the tcdE gene. (2012) Microb Pathog 52, 92-100
    Olling A, Seehase S, Minton NP, Tatge H, Schröter S, Kohlscheen S, Pich A, Just I, Gerhard R
    (See online at https://doi.org/10.1016/j.micpath.2011.10.009)
  • Serine-71 phosphorylation of rac1 modulates downstream signaling. (2012) PLoS One. 7(9)
    Schwarz J, Proff J, Hävemeier A, Ladwein M, Rottner K, Barlag B, Pich A, Tatge H, Just I, Gerhard R
    (See online at https://doi.org/10.1371/journal.pone.0044358)
  • Differential expression of miR-17~92 identifies BCL2 as a therapeutic target in BCR-ABL positive B-lineage acute lymphoblastic leukemia. (2013) Leukemia
    Scherr M, Elder A, Battmer K, Barzan D, Bomken S, Ricke-Hoch M, Schröder A, Venturini L, Blair H, Vormoor J, Ottmann O, Ganser A, Pich A, Hilfiker-Kleiner D, Heidenreich O, and Eder M
    (See online at https://doi.org/10.1038/leu.2013.361)
  • Metabolic adaptation of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis to the gut environmen. (2013) Microbiology 159, 380-391
    Weigoldt M, Meens J, Bange FC, Pich A, Gerlach GF, Goethe R
    (See online at https://doi.org/10.1099/mic.0.062737-0)
  • Substrate specificity of clostridial glucosylating toxins and their function on colonocytes analyzed by proteomics techniques. (2013) J Proteome Res. 2013 Feb 6
    Zeiser J, Gerhard R, Just I, Pich A
    (See online at https://doi.org/10.1021/pr300973q)
 
 

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