Automatische Beurteilung von Clusterplots (ABC-Plots)

• Applicants: Professor Dr. Peter Schlattmann; Professor Dr. Andreas Ziegler
• Subject Area: Epidemiology and Medical Biometry/Statistics
• Term: from 2009 to 2013
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 150447427

Die visuelle Beurteilung von Cluster-Plots (Signal-Intensitäts-Plots) durch mindestens zwei unabhängige Betrachter ist das Standardverfahren zur abschließenden Beurteilung der Güte von Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs) in Hochdurchsatz-Genotypisierungsstudien. Schlechte SNPs zeichnen sich vor allem dadurch aus, dass sich a) die Signal-Intensitäten der verschiedenen Genotypen überlappen oder b) die Ellipsen der Signal-Intensitäten langgestreckt sind oder c) mehr als drei Clusterschwerpunkte vorliegen. Ziel des Lübecker Teilprojekts ist die Entwicklung statistischer Methoden a) zur automatischen Beurteilung der Trennung von Cluster-Plots und b) der Form der Intensitäts-Wolken. Ziel des Berliner Teilprojekts ist entsprechend c) die Entwicklung statistischer Methoden zur Identifikation der Anzahl von Cluster in einem Cluster-Plot. Für die Nutzung in Anwendungen sollen die Verfahren in einer benutzerfreundlichen Software, z.B. in R implementiert werden, und zwar so, dass sie auch in genomweiten Assoziationsstudien mit 1 Million SNPs angewendet werden kann.

• DFG Programme: Research Grants