MiRNA and RNA-binding proteins as integral part of cell communication:context-based target prediction and validation

• Antragsteller: Professor Dr. Rolf Backofen; Professor Dr. Klaus Palme; Professor Dr. Fabian Theis
• Fachliche Zuordnung: Elektronische Halbleiter, Bauelemente und Schaltungen, Integrierte Systeme, Sensorik, Theoretische Elektrotechnik ; Sicherheit und Verlässlichkeit, Betriebs-, Kommunikations- und verteilte Systeme
• Förderung: Förderung von 2010 bis 2016
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 151246655

Die regulierende Wirkung von miRNAs wird maßgeblich durch die Anwesenheit anderer miRNAs und RNA-bindender Proteine beeinflusst. Quantitative Methoden zur Vorhersage der genauen Beziehungen zwischen miRNAs und RBPs nutzen jedoch typischerweise nur die Informationen in der Nähe der Zielregionen und weisen daher erhebliche Mängel auf. Aus diesen Gründen entwickeln wir Techniken, die 1. in einer iterativen Zusammenarbeit zwischen Theoretikern und Experimentatoren hoch qualitative experimentelle Daten zur Verbesserung der Vorhersage von amiRNA vermittelter Ziel-RNA-Spaltung und mRNA-RNA Bindeprotein Interaktionen liefern, 2. in kohärenter Weise die verschiedenen experimentellen Daten wie mRNA, miRNA-mRNA oder RBP-mRNA-Wechselwirkungen integrieren und 3. mit einer "globalen" Perspektive die verschiedenen mRNA-Molekül Interaktionen betrachten. Auf diese Weise wird es möglich, einen Einblick in die korrelierten Wirkung verschiedener Regulationsmechanismen (RBPs, miRNAs) auf die Genexpression zu erhalten und damit grundlegende Einsichten in das Design der Informationskodierung RNA-Moleküle zu gewinnen.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1395: Informations- und Kommunikationstheorie in der Molekularbiologie (InKoMBio)
• Beteiligte Person: Oleksandr Dovzhenko