Molekulargenetische Analyse von Genen mit Einfluß auf die frühembryonale Überlebensrate beim Schwein
Final Report Abstract
Das Forschungsvorhaben hatte zum Ziel ein Netzwerk von bedeutsamen Genen für die kritische Phase der frühembryonalen Entwicklung beim Schwein molekulargenetisch aufzuklären. Das Projekt baute dabei vorwiegend auf bereits vorhandene Erfahrungen von Expressionsstudien aut Zunächst sollten porcine Kandidatengene, die aufgrund ihres differentiellen Expressionsmusters und ihrer dadurch begründeten Schlüsselrolle bei der Implantation von Schweineembryonen ausgewählt wurden (insgesamt 86). auf DNASequenz- Polymorphisman (SNPs: single nucleotide polymorphisms) untersucht werden. Für einen großen Teil der ausgewählten Kandidatengene stehen porcine ESTs (expressed sequence tags) zur Verfügung, die über Datenbankrecherchen identifiziert wurden. Diese porcinen Sequenzen wurden für die Entwicklung von SNPs (single nucleotide polymorphisms) an einem Tiermaterial von Sauen mit extremen Unterschieden in der Fruchtbarkeit verwendet. Für 51 Gene in 58 verschiedenen Produkten wurden insgesamt 98 SNPs entdeckt Die Analyse der entwickelten SNP Marker auf ihren Einfluss auf die Wurfgröße fand in einem zweistufigen Verfahren statt, um Zeit und Kosten zu sparen. Im ersten Schritt wurden diskordante Stichproben von je 96 Sauen der Rassen DL und DE genotypisiert. Diese Stichprobe bestanden aus 48 Sauen mit einer hohen Anzahl an lebend geborenen Ferkeln pro Wurf und 48 Sauen mit einer niedrigen Anzahl an lebend geborenen Ferkeln pro Wurf. Wenn sich die Allel- und Genotypfrequenzen eines Markers zwischen beiden extremen Gruppen signifikant unterschieden, wurden sie in einem zweiten Schritt an 850 Sauen der DL und 650 Sauen der Rasse DE genotypisiert und ermittelt ob eine Assoziation zwischen der mittleren Wurfgröße und der Genotypfrequenz der Marker vorlag. Nach der Analyse der diskordanten DL Stichprobe wurden signifikante (P < 0,05) Effekte von SNPs in den Genen CNR1, KLK1, MAP3K3, PPARD, VCAM1 und RBP4 auf die Würfgröße festgestellt. Diese Effekte wurden für die SNPs in CNR1, KLK1. MAP3K3, VCAM1 und RBP4 für die DL Gesamtstichprobe bestätigt. Bei der Analyse der diskordanten DE Stichprobe wurden signifikante (P < 0,05) Effekte von SNPs in den Genen MAP3K3, KDR, ERBB21P und PPARD identifiziert. Eine partielle Überschneidung der Geneffekte zwischen unterschiedlichen Rassen, wie hier für die Gene Map3K3 und PPARD ermittelt, war zu entarten und bestätigt die Relevanz des gewählten Ansatzes.
Publications
- A. Spotter, S. Müller, H. Hamann, and O. DistI (2008) Effect of Polymorphisms in the Genes for LIF and RBP4 on Litter Size in Two German Pig Lines. Reproduction in Domestic Animals, OnlineEarly Articles. (Siehe online unter: doi: 10.1111/j.1439-0531.2007.01004.x)
