Next Generation Sequencer
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Mit Hilfe des Next Generation Sequencings wurden folgende Projekte bearbeitet: 1. Die Identifizierung von Mutationen bei Patienten mit seltenen Erkrankungen (hauptsächlich kraniofaziale Fehlbildungen, Intelligenzminderung und Imprintingerkrankungen) bzw. in bestimmten Tumoren (Retinoblastom, Aderhautmelanom und Neuroblastom). Hier kommt im Wesentlichen das Whole Exome Sequencing (WES) zum Einsatz. 2. Genomweite Methylierungsuntersuchungen (Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) bei humanen und murinen Zelltypen (Monozyten, Makrophagen, Adipozyten, Fibroblasten, Kolonepithelzellen, Aderhautmelanomzellen). Diese Untersuchungen dienen der Aufklärung epigenetischer Regulationsmechnismen der Zelldifferenzierung und der Tumorentstehung. 3. Bestimmung aller RNAs in Zellen und Gewebe mittels RNA-Seq. Schwerpunkt ist hier der Vergleich des Expressionsprofils verschiedener Zellen unter verschiedenen Bedingungen (Zelldifferenzierung, Tumorentstehung, etc.). Die Anschaffung des Geräts hat die Einwerbung mehrerer großer Forschungsprojekte ermöglicht, z.B. die führende Beteiligung unserer Universität am Deutschen Epigenomprogramm (DEEP).
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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A comprehensive molecular study on Coffin-Siris and Nicolaides Baraitser syndromes identifies a broad molecular an clinical spectrum converging on altered chromatin remodeling. Hum Mol Genet. 2013 Dec 20;22(25:5121-35
Wieczorek D, Bögershausen N, Beleggia F, Steiner-Haldenstätt S, Pohl E, Li Y, Milz E, Martin M, Thiele H, Altmüller J, Alanay Y, Kayserili H, KleinHitpass L, Böhringer S, Wollstein A, Albrecht B, Boduroglu K, Caliebe A, Chrzanowska K, Cogulu O, Cristofoli F, Czeschik JC, Devriendt K, Dotti MT, Elcioglu N, Gener B, Goecke TO, Krajewska-Walasek M, Guillén-Navarro E, Hayek J, Houge G, Kilic E, Simsek-Kiper PÖ, Lopez-Gonzalez V, Kuechler A, Lyonnet S, Mari F, Marozza A, Mathieu Dramand M, Mikat B, Morin G, Morice-Picard F, Ozkinay F, Rauch A, Renieri A, Tinschert S, Utine GE, Vilain C, Vivarelli R, Zweier C, Nürnberg P, Rahmann S, Vermeesch J, Lüdecke HJ, Zeschnigk M, Wollnik B
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A new face of Borjeson-Forssman-Lehman syndrome? De novo mutations in PHF6 in seven females with a distinct phenotype. J Med Genet. 2013 Dec;50(12):838-47
Zweier C, Kraus C, Brueton L, Cole T, Degenhardt F, Engels H, Gillessen-Kaesbach G, Graul-Neumann L, Horn D, Hoyer J, Just W, Rauch A, Reis A, Wollnik B, Zeschnigk M, Lüdecke HJ, Wieczorek D
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Clinical and mutation data in 12 patients with the clinical diagnosis of Nager syndrome. Hum Genet. 2013 Aug;132(8):855-98
Czeschik JC, Voigt C, Alanay Y, Albrecht B, Avci S, Fitzpratrick D, Goudie DR, Hehr U, Hoogeboom AJ, Kayserili H, Simsek-Kiper Po, Klein-Hitpass L, Kuechler A, Löpez-Gonzalez V, Martin M, Rahmann S, Schweiger B, Splitt M, Wollnik B, Lüdecke HJ, Zeschnigk M, Wieczorek D
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Exome sequencing identifies recurrent somatic mutations in EIF1AX and SF3B1 in uveal melanoma with disomy 3. Nat Genet, 2013, 45(8):933-6
Martin M, Maßhöfer L, Temming P, Rahmann, Metz C, Bornfeld N, van de Nes J, Klein-Hitpass L, Hinnebusch AG, Horsthemke B, Lohmann DR, Zeschnigk M
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Oto-facial syndrome and esophageal, intellectual disability and zygomatic anomalies - expanding the phenotypes associated with EFTUD2 mutations. Orphanet J Rare Dis. 2013 Jul 24;8:110
Voigt C, Mégarbané A, Neveling K, Czeschik JC, Albrecht B, Callewaert B, von Deimling F, Hehr A, Falkenberg Smeland M, König R, Kuechler A, Marcelis C, Puiu M, Reardon W, Riise Stensland HM, Schweiger B, Steehouwer M, Teller C, Martin M, Rahmanns S, Hehr U, Brunner HG, Lüdecke HJ, Wieczorek D
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(2014) Supratentorial ependymomas of childhood carry C11orf95-RELA fusions leading to pathological activation of the NF-kB signaling pathway. Acta Neuropathol. 2014 Feb 22 [Epub ahead of print]
Pietsch T, Wohlers I, Goschzik T, Dreschmann V, Denkhaus D, Dörner E, Rahmann S, Klein-Hitpass L
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Evolutionary origin and methylation status of human intronic CpG islands that are not present in mouse. Genome Biol Evol, 2014, 12:1579-88
Rademacher K, Schröder C, Kanber D, Klein-Hitpass L, Wallner S, Zeschnigk M, Horsthemke B
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Females with de novo aberrations in pHF6: Clinical overlap of Borjeson-Forssmann-Lehmann with Coffin-Siris syndrome. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Sep;166(3):290-301
Zweier C, Rittinger O, Bader I, Berland S, Cole T, Dehenhardt F, Di Donato N, Graul-Neumann L, Hoyer J, Lynch SA, Vlasak I, Wieczorek D
