Next Generation Sequencer

• Subject Area: Medicine
• Term: Funded in 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 172427910

In den letzten Jahren wurden Referenzsequenzen für verschiedene Genome (Mensch, Maus, etc.) sowie neue, hochparallele Sequenziertechnologien („Next Generation Sequencing, NGS") verfügbar. Dadurch ist es jetzt erstmals möglich, die Erbinformation eines Individuums vollständig zu erfassen. NGS ist eine Schlüsseltechnologie für alle genetisch arbeitenden biomedizinischen Wissenschaften. An der Universität Duisburg-Essen gibt es elf Abteilungen, die diese Technologie in der Forschung schon anwenden (in Kollaboration mit auswärtigen Partnern) bzw. die Anwendung planen. An¬wen¬dungs¬bereiche sind: Resequenzierung von Kandidatengenen und genomischen Regionen bei Pa¬tienten und Kontrollen zum Nachweis von Sequenzvarianten und strukturellen Veränderungen (z. B. komplettes Genom eines Patienten in mehrfacher Abdeckung oder ultratiefes Sequenzieren von Kandidatengenen bei Tumoren), Pathogensequenzierung und -identifizierung, Quasispeziesanalyse von Viren, Bisulfit-Sequenzierung zur genomweiten Bestimmung DNA-Methylierungsmustern, Chro¬ma¬tin¬immunpräzipitation und Sequenzierung zur Identifizierung von Proteinbindestellen im Genom, Transcript-Sequenzierung zur Expressionsanalyse (z.B. microRNAS). Für die effiziente und kompe¬tetive Bearbeitung von Forschungsprojekten ist eine ausreichende NGS-Kapazität auf unserem Campus erforderlich. Eine ausreichende NGS-Kapazität ist auch Voraussetzung für die Beteiligung an internationalen Konsortien auf dem Gebiet der Genetik, insbesondere auch der Tumorgenetik.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Instrumentation Group: 3150 DNA-Sequenzer
• Applicant Institution: Universitätsklinikum Essen
• Leader: Professor Dr. Bernhard Horsthemke