ARB im Zeitalter der Hochdurchsatzsequenzierung: Anpassung an die Erfordernisse umfassender Umwelt- und Metagenomstudien sowie Pflege entsprechender Datenbanken

• Antragsteller: Dr. Wolfgang Ludwig
• Fachliche Zuordnung: Mikrobielle Ökologie und Angewandte Mikrobiologie
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2014
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 196253499

Im Rahmen des von der DFG geförderten Projektes wurden Teile des ARBSoftwarepaketes hinsichtlich der automatisierten Pflege integrativer Datenbanken alignierterund analysierter Nukleinsäuresequenzen und jedweder Art diesen zugeordneterZusatzdaten erweitert und verbessert.Die umfangreichen Arbeiten im Zusammenhang mit der Erstellungund Pflege von qualitativ hochwertigen "Seed-" und "Core"-rRNA-Datenbanken sowieAnfragen und Anregungen aus dem Kreis der ARB- und SILVA-Nutzer haben deutlichgezeigt, dass substanzielle Erweiterungen und Verbesserungen des ARB-Paketeserforderlich sind, um den Anforderungen der Hochdurchsatzsequenzierungsära gerechtzu werden, insbesondere vor dem Hintergrund der Vielzahl an umfangreichen Umwelt- undMetagenomstudien. Neu- oder Redesign bzw. Verbesserung oder Anpassung sowieweitgehende Automatisierung von ARB-Komponenten für Datenbank-"merging",Stammbaumrekonstruktion, -optimierung und -vergleich, Alignment von (hochvariablen)Sequenzabschnitten, "Data-minining", sowie Pflege und Analyse von Proteinsequenzdatensind geplant. Ferner ist intensive Bereinigung des umfangreichen, in 18 Jahren unterMitwirkung einer Vielzahl von Autoren entstandenen komplexen Codes erforderlich.

• DFG-Verfahren: Forschungsdaten und Software (Wiss. Literaturversorgung und Informationssysteme)