Detection of condition-specific transcription factor interactions (A14#)

• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2011 to 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5486242

Man nimmt an, dass kombinatorische Genregulation bei der Erzeugung komplexerTranskriptionsantworten der Zelle eine wesentliche, wenngleich noch weithin unverstandeneRolle spielt. Das Projekt zielt auf die Detektion umweltkontextabhängiger Interaktionenzwischen Transkriptionsfaktoren (TFs) ab, die für die koordinierte Transkriptionsantwort derZelle auf externe Störungen relevant sind. Wir beabsichtigen, ein statistisches Verfahren (“OneHand Clapping”) zu entwickeln, welches Genexpressionsdaten von Interventionsexperimentenund TF-Bindedaten integriert, um von der Aktivität von TF-Zielgenen auf die komplexe Logikder regulierenden TFs zu schließen. Wir werden anhand großer Hefe-Transkriptionsdatensätzedas bis dato erste umfassende Verzeichnis umweltkontextabhängiger TF-TF Interaktionenerstellen. Der gleiche Ansatz wird in der Folge bei der Analyse humaner Krebsgewebe zur Suchenach tumortyp-spezifischen TF-TF Interaktionen benutzt.

• DFG Programme: Collaborative Research Centres
• Subproject of: SFB 646: Networks in Genome Expression and Maintenance
• Applicant Institution: Ludwig-Maximilians-Universität München
• Project Head: Professor Dr. Achim Tresch, until 3/2012