Detection of condition-specific transcription factor interactions (A14#)

• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2012
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5486242

Man nimmt an, dass kombinatorische Genregulation bei der Erzeugung komplexerTranskriptionsantworten der Zelle eine wesentliche, wenngleich noch weithin unverstandeneRolle spielt. Das Projekt zielt auf die Detektion umweltkontextabhängiger Interaktionenzwischen Transkriptionsfaktoren (TFs) ab, die für die koordinierte Transkriptionsantwort derZelle auf externe Störungen relevant sind. Wir beabsichtigen, ein statistisches Verfahren (“OneHand Clapping”) zu entwickeln, welches Genexpressionsdaten von Interventionsexperimentenund TF-Bindedaten integriert, um von der Aktivität von TF-Zielgenen auf die komplexe Logikder regulierenden TFs zu schließen. Wir werden anhand großer Hefe-Transkriptionsdatensätzedas bis dato erste umfassende Verzeichnis umweltkontextabhängiger TF-TF Interaktionenerstellen. Der gleiche Ansatz wird in der Folge bei der Analyse humaner Krebsgewebe zur Suchenach tumortyp-spezifischen TF-TF Interaktionen benutzt.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 646: Regulatorische Netzwerke in Expression und Erhalt des Genoms
• Antragstellende Institution: Ludwig-Maximilians-Universität München
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Achim Tresch, bis 3/2012