SFB 1036:  Zelluläre Qualitätskontrolle und Schadensbegrenzung

• Fachliche Zuordnung: Biologie
• Förderung: Förderung von 2012 bis 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 201348542

• Erstellungsjahr: 2021

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Ein fundamentales Prinzip des Lebens ist die Fähigkeit, die Funktionalität biologischer Systeme auch unter wechselnden Umweltbedingungen aufrechtzuerhalten. Zu diesem Zweck haben Organismen Schutzmechanismen entwickelt, die den Zustand und die Funktionalität ihrer Strukturen auf allen Ebenen überwachen: von Organen und Geweben, über Zellen, Zellorganellen und subzellulären Kompartimenten, bis hin zu molekularen Maschinen und einzelnen Makromolekülen. Zelluläre Überwachungssysteme erkennen Funktionsstörungen oder Schäden an einzelnen Komponenten und lösen adaptive Stressreaktionen aus, um das Überleben von Zellen oder Organismen zu gewährleisten, indem sie deren Reparatur, Beseitigung und Austausch koordinieren. Ein Versagen oder eine Fehlregulation dieser Überwachungsmechanismen steht im Zusammenhang mit dem Altern und einer Vielzahl von Krankheiten wie Krebs, Neurodegeneration und Entzündungskrankheiten. Der SFB1036 hatte das Ziel, ein molekulares Verständnis von Stressreaktionen und Überwachungsprozessen zu erlangen. Im Wesentlichen ist es hierfür erforderlich zu ergründen, wie Stress einzelne Moleküle, makromolekulare Verbindungen und zelluläre Prozesse beeinträchtigt, und wie Stresszustände und Schäden erkannt und Signale erzeugen, die eine adäquate Reaktion hervorrufen. In einer Zelle gibt es Dutzende verschiedener Qualitätskontrollwege, was eine vollständige Analyse sehr schwierig macht. Deshalb haben wir ein SFB-Konsortium gegründet, das es ermöglicht, ein breites Spektrum an strategischen Konzepten und Mechanismen zur Stressverarbeitung und -behebung vergleichend und synergetisch zu untersuchen. In den beiden Förderperioden wurden Überwachungssysteme für DNA, RNA und Proteine und die mit der Synthese dieser Moleküle verbundenen Prozesse (z.B. Transkription und Translation) untersucht. Diese Arbeiten führten zu neuen Erkenntnissen über Grundprinzipien auf mehreren Ebenen, einschließlich neuer Regulationsmechanismen, die einzelne Systeme auf der systemischen Ebene miteinander verknüpfen. Wir haben ausgewählte Stress-Sensoren und Signalmechanismen sowie die Prozesse zur Schadensbehebung und -beseitigung auf molekularer und struktureller Ebene genauer analysiert, mit einem Schwerpunkt auf der Qualitätskontrolle der zellulären Proteine. Insgesamt ist der SFB1036 in das Umfeld des Life-Science-Campus Heidelberg/Mannheim eingebettet und hat von der Expertise der sieben beteiligten Zentren für Grundlagenforschung und biomedizinischer Forschung (ZMBH, BZH, COS, DKFZ, EMBL, Medizinische Fakultäten Heidelberg und Mannheim) profitiert. Diese breit aufgestellte Struktur des Konsortiums hat die Basis für das Erreichen des langfristigen Ziels eines mechanistischen Verständnisses von zellulären Überwachungssystemen und Schadensreaktionen gebildet.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

• Autophosphorylation and Pin1 binding coordinate DNA damage-induced HIPK2 activation and cell death. PNAS (2013) 110, E4203-4212
  Bitomsky, N, Conrad, E, Moritz, C, Polonio-Vallon, T, Sombroek, D, Schultheiss, K, Glas, C, Greiner, V, Herbel, C, Mantovani, F, del Sal, G, Peri, F, Hofmann, TG
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1310001110)
• Repression of RNA polymerase I upon stress is caused by inhibition of RNA-dependent deacetylation of PAF53 by SIRT7. Mol Cell (2013) Nov 7;52(3):303-13
  Chen S, Seiler J, Santiago-Reichelt M, Felbel K, Grummt I, Voit R
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.10.010)
• Roquin promotes constitutive mRNA decay via a conserved class of stem-loop recognition motifs. Cell (2013) 153:869-81
  Leppek K, Schott J, Reitter S, Poetz F, Hammond MC, Stoecklin G
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.016)
• High nutrient levels and TORC1 activity reduce cell viability following prolonged telomere dysfunction and cell cycle arrest. Cell Rep. (2014) 9, 324-335
  Klermund, J, Bender, K, Luke B
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.08.053)
• Protein quality control at the inner nuclear membrane. Nature (2014) 516, 410-413
  Khmelinskii, A, Blaszczak, E, Pantazopoulou, M, Fischer, B, Omnus, DJ, Le Dez, G, Brossard, A, Gunnarsson, A, Barry, JD, Meurer, M, Kirrmaier, D, Boone, C, Rabout, G, Ljungdahl, P, Knop, M
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nature14096)
• A novel inflammatory pathway mediating rapid hepcidin-independent hypoferremia. Blood (2015) 125(14):2265–75
  Guida C, Altamura S, Klein FA, Galy B, Boutros M, Ulmer AJ, Hentze MW, Muckenthaler MU
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1182/blood-2014-08-595256)
• Crucial HSP70 co-chaperone complex unlocks metazoan protein disaggregation. Nature (2015) 524, 247 – 251
  Nillegoda, N.B., Kirstein, J., Szlachcic, A., Berynskyy, M., Stank, A., Stengel, F., Arnsburg, K., Gao, X., Scior, A., Aebersold, R., Guilbride, D.L., Wade, R.C., Morimoto, R.I., Mayer, M.P., Bukau, B.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nature14884)
• Downregulation of N-terminal acetylation triggers ABA-mediated drought responses in Arabidopsis. Nat Commun (2015) 6, 7640
  Linster, E., Stephan, I., Bienvenut, W.V., Maple-Grodem, J., Myklebust, L.M., Huber, M., Reichelt, M., Sticht, C., Geir Moller, S., Meinnel, T., Arnesen, T., Giglione, C., Hell, R., and Wirtz, M.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms8640)
• Intramembrane protease RHBDL4 cleaves oligosaccharyltransferase subunits to target them for ER-associated degradation. J. Cell Sci. (2016) Jun 16; 6:27342
  Knopf JD, Landscheidt N, Pegg CL, Schulz BL, Kühnle N, Wei CW, Huck S, Lemberg MK
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1242/jcs.243790)
• Molecular mechanism of thermosensory function of human heat shock transcription factor Hsf1. eLife (2016) 5: e11576
  Hentze N, Le Breton L, Wiesner J, Kempf G, Mayer MP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.11576)
• Realtime monitoring of basal H2O2 levels with peroxiredoxin-based probes. Nat Chem Biol (2016) 12:437-443
  Morgan B, Van Laer K, Owusu TN, Ezerina D, Pastor-Flores D, Amponsah PS, Tursch A, Dick TP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nchembio.2067)
• Redox regulation of SUMO enzymes is required for ATM activity and survival in oxidative stress. EMBO J. (2016) 35:1312-1329
  Stankovic-Valentin, N., Drzewicka, K., König, C., Schiebel, E., Melchior, F.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.15252/embj.201593404)
• The differential expression of alternatively polyadenylated transcripts is a common stressinduced response mechanism that modulates mammalian mRNA expression in a quantitative and qualitative fashion. RNA (2016) 22:1441-53
  Hollerer, I., Curk, T., Haase, B., Benes, V., Hauer, C., Neu-Yilik, G., Bhuvanagiri, M., Hentze, M.W., Kulozik, A.E.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1261/rna.055657.115)
• The Rqc2/Tae2 subunit of the ribosomeassociated quality control (RQC) complex marks ribosome-stalled nascent polypeptide chains for aggregation. Elife (2016) Mar 4;5:e11794
  Yonashiro R, Tahara EB, Bengtson MH, Khokhrina M, Lorenz H, Chen KC, Kigoshi-Tansho Y, Savas JN, Yates JR, Kay SA, Craig EA, Mogk A, Bukau B, Joazeiro CA
  (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.11794)
• SIRT7 and the DEAD-box helicase DDX21 cooperate to resolve genomic R loops and safeguard genome stability. Genes Dev. (2017) Jul 1; 31(13):1370-1381
  Song C, Hotz-Wagenblatt A, Voit R, Grummt I
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1101/gad.300624.117)
• Structural basis of HypK regulating N-terminal acetylation by the NatA complex, Nat Commun (2017) 8: 15726. 06
  Weyer, F.A., Gumiero, A., Lapouge, K., Bange, G., Kopp, J. & Sinning, I.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms15726)
• Sulfur availability regulates plant growth via glucose-TOR signaling. Nature Commun (2017) 8, 1174
  Dong, Y., Silbermann, M., Speiser, A., Forieri, I., Linster, E., Poschet, G., Allboje Samami, A., Wanatabe, M., Sticht, C., Teleman, A.A., Deragon, J.-M., Saito, K., Hell, R., and Wirtz, M.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41467-017-01224-w)
• Temporal and compartment-specific signals co-ordinate mitotic exit with spindle position. Nat. Comm. (2017) Jan 24:8:14129
  Caydasi, A.K., Khmelinskii, A., Duenas-Sanchez, R., Kurtulmus, B., Knop, M. and Pereira, G.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms14129)
• Thiolutin is a zinc chelator that inhibits the Rpn11 and other JAMM metalloproteases. Nat Chem Biol (2017) 13, 709-714
  Lauinger, L., Li, J., Shostak, A., Cemel, I. A., Ha, N., Zhang, Y., Merkl, P. E., Obermeyer, S., Stankovic- Valentin, N., Schafmeier, T., Wever, W. J., Bowers, A. A., Carter, K. P., Palmer, A. E., Tschochner, H., Melchior, F., Deshaies, R. J., Brunner, M., and Diernfellner, A.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nchembio.2370)
• Mapping degradation signals and pathways in a eukaryotic N-terminome. Mol Cell. (2018) 70:488-501.e5
  Kats, I., Khmelinskii, A., Kschonsak, M., Huber, F., Knieß, R.A., Bartosik, A., Knop, M.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.03.033)
• (2019) A pathway linking translation stress to checkpoint kinase 2 signaling in Neurospora crassa. Proc Natl Acad Sci U S A (2019) 116, 17271-17279
  Diernfellner, A. C. R., Lauinger, L., Shostak, A., and Brunner, M.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1815396116)
• Alanine Tails Signal Proteolysis in Bacterial Ribosome-Associated Quality Control. Cell (2019) Jun 27;178(1):76-90.e22
  Lytvynenko I, Paternoga H, Thrun A, Balke A, Müller TA, Chiang CH, Nagler K, Tsaprailis G, Anders S, Bischofs I, Maupin-Furlow JA, Spahn CMT, Joazeiro CAP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.002)
• Cellular sequestrases maintain basal Hsp70 capacity ensuring balanced proteostasis. Nature Commun. (2019) 10:4851
  Ho, C.-T., Grousl, T., Shatz, O., Jawed, A., Rutger-Herreros, C., Semmelink, M., Zahn, R., Richter, K., Bukau, B., Mogk, A.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41467-019-12868-1)
• Centromeric CENP-A loading requires accurate mitotic timing, which is linked to checkpoint proteins. PLoS Genet. (2019) Sep 25;15(9): e1008380
  Pauleau A, Kajtez J, Bergner A, Erhardt S
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008380)
• Cooperation of mitochondrial and ER factors in quality control of tail-anchored proteins. eLife (2019) June 7; 8:e45506
  Dederer V, Khmelinskii A, Huhn A, Okreglak V, Knop M, Lemberg MK
  (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.45506)
• Localization of Drosophila CENP-A to non-centromeric sites depends on the NuRD complex. Nucleic Acids Res. (2019)
  Demerdizen E, Spiller-Becker M, Förtsch A, Wilhelm A, Bergner A, Bade D, Hessling B, Erhardt S
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1093/nar/gkz962)
• TIAR marks nuclear G2/M transition granules and restricts CDK1 activity under replication stress. EMBO Rep (2019) 20: e46224
  Lafarga V, Sung HM, Haneke K, Roessig L, Pauleau AL, Bruer M, Rodriguez-Acebes S, Lopez-Contreras AJ, Gruss OJ, Erhardt S, Mendez J, Fernandez-Capetillo O, Stoecklin G
  (Siehe online unter https://doi.org/10.15252/embr.201846224)
• Translational Regulation of Pmt1 and Pmt2 by Bfr1 Affects Unfolded Protein O- Mannosylation. Int J Mol Sci. (2019) 20(24):6220
  Castells-Ballester J, Rinis N, Kotan I, Gal L, Bausewein D, Kats I, Zatorska E, Kramer G, Bukau B, Schuldiner M, Strahl S
  (Siehe online unter https://doi.org/10.3390/ijms20246220)
• A role for annexin A2 in scaffolding the peroxiredoxin 2-STAT3 redox relay complex. Nat Commun (2020) 11:4512
  Talwar D, Messens J, Dick TP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41467-020-18324-9)
• Cdk4 and Cdk6 couple the cell cycle machinery to cell growth via mTORC1. Cell Reports (2020) 31:107504
  Romero-Pozuelo J, Figlia G, Kaya O, Martin-Villalba A and Teleman AA
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.celrep.2020.03.068)
• Feedback regulation of heat shock factor 1 (Hsf1) activity by Hsp70- mediated trimer unzipping and dissociation from DNA. The EMBO J (2020) 39: e104096
  Kmiecik SW, Le Breton L, Mayer MP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.15252/embj.2019104096)
• Functional implications of MIR domains in protein O- mannosylation. Elife (2020) 9:e61189
  Chiapparino A, Grbavac A, Jonker HR, Hackmann Y, Mortensen S, Zatorska E, Schott A, Stier G, Saxena K, Wild K, Schwalbe H, Strahl S, Sinning I
  (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.61189)
• Molecular dissection of amyloid disaggregation by the human Hsp70 chaperone. Nature (2020), 587: 483–488
  Wentink, A.S., Nillegoda, N.B., Feufel, J., Ubartaitė, G., Schneider, C.P., De Los Rios, P., Hennig, J., Barducci, A., Bukau, B
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41586-020-2904-6)
• Reducing Insulin/IGF1 Signaling Protects Against Non-Cell Autonomous Vesicle Rupture Caused by SNCA Spreading. Autophagy (2020) 16(5):878-899
  Sandhof CA, Hoppe SO, Druffel-Augustin S, Gallrein C, Kirstein J, Voisine C, Nussbaum-Krammer C
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1080/15548627.2019.1643657)
• Selective 40S footprinting reveals captethered ribosome scanning in human cells. Mol Cell (2020) 79:561-574.e5
  Bohlen J, Fenzl K, Kramer G, Bukau B and Teleman AA
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.06.005)
• The HSP110/HSP70 disaggregation system generates spreading-competent toxic αsynuclein species. EMBO J (2020) Mai 25:e103954
  Tittelmeier J, Sandhof CA, Ries HM, Druffel-Augustin S, Klemmer A, Mogk A, Bukau B, Nussbaum- Krammer C
  (Siehe online unter https://doi.org/10.15252/embj.2019103954)
• The ribosome-associated complex RAC serves in a relay that directs nascent chains to Ssb. Nat Commun (2020) 11: 1504
  Zhang, Y., Valentín Gesé, G., Conz, C., Lapouge, L., Kopp, J., Wölfle, T., Rospert, S. & Sinning, I.
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41467-020-15313-w)
• Convergence of mammalian RQC and C-end rule proteolytic pathways via alanine tailing. Mol Cell. (2021) Mar 22:S1097-2765(21)00172-6
  Thrun A, Garzia A, Kigoshi-Tansho Y, Patil PR, Umbaugh CS, Dallinger T, Liu J, Kreger S, Patrizi A, Cox GA, Tuschl T, Joazeiro CAP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.03.004)
• Liver sinusoidal endothelial cells suppress BMP2 production in response to TGFβ pathway activation. Hepatology. (2021) May 13
  Colucci S, Altamura S, Marques O, Dropmann A, Horvat NK, Müdder K, Hammad S, Dooley S, Muckenthaler MU
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1002/hep.31900)
• Timer-based proteomic profiling of the ubiquitin-proteasome system reveals a substrate receptor of the GID ubiquitin ligase. Mol Cell (2021)
  Kong KYE, Fischer B, Meurer M, Kats I, Li Z, Rühle F, Barry JD, Kirrmaier D, Chevyreva V, San Luis BJ, Costanzo M, Huber W, Andrews BJ, Boone C, Knop M, Khmelinskii A
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.04.018)