MALDI-TOF/TOF-Massenspektrometer
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das Massenspektrometer wurde von der MHH als Ersatz für ein nicht mehr zeitgemäßes Gerät angeschafft. Das neue Gerät wird wie schon das alte System in erster Linie von der Core Facility Proteomics (in der es auch steht) genutzt, steht aber auch weiteren Instituten zur Verfügung. Die technische Betreuung und Einarbeitung von Wissenschaftlern findet durch die Mitarbeiter der Core Facility-Proteomics statt. Im Rahmen der Core Facility Proteomics wurden sehr viele Analysen zur Identifizierung einzelner Proteine und komplexer Proteingemische durchgeführt; dabei konnten auch posttranslationale Modifikationen nachgewiesen werden. Pro Jahr werden ungefähr 1000 Protein-Analysen durchgeführt. In einem neuen umfangreichen Projekt wurde die Analytik und Quantifizierung von Oligonukleotiden etabliert, die für therapeutische Zwecke eingesetzt werden sollen. Nach der Extraktion aus Serum bzw. Plasma oder Gewebe werden die Oligonukleotide anhand von internen Standards quantifiziert. Zudem wurden Glykane und eine Reihe weiterer Stoffe untersucht und die Qualitätssicherung von in-house synthetisierten Vitamin-Derivaten wurde damit durchgeführt. Einen wissenschaftlichen Schwerpunkt stellten Experimente zur Imaging Mass Spectrometry (IMS) dar. Dabei werden komplette Gewebeschnitte auf einen Probenträger fixiert, mit Matrix besprüht und dann im Massenspektrometer gemessen. Der gesamte Gewebeschnitt wird bei einer Auflösung von 50 bis 100 µm mit einem Laser beschossen, so dass man für jede Position im Gewebe ein komplexes MS-Spektrum erhält. Damit kann die Verteilung von ausgewählten Massen über den gesamten Gewebeschnitt ermittelt werden. Je nach Gewebe und Experiment lässt sich so die Lokalisation von Peptiden/kleinen Proteinen, Lipiden oder Metaboliten im Gewebe bestimmen. Nach Etablierung der IMS-Technik konnten umfangreiche Experimente mit Gewebe aus Rattenhirnen durchgeführt werden. Ein großer Teil der ausgewählten Massen wurde identifiziert, dabei handelte es sich ausschließlich um Peptide, die möglicherweise in dem ausgewählten Tiermodel eine wichtige Funktion haben. Aktuell untersuchen wir, ob die IMS-Technik auch für den Nachweis von mikrobiellen Biofilmen in Geweben verwendet werden kann. Darüber hinaus wird das Spektrometer in der Lehre in den Studiengängen Biochemie und Biomedizin eingesetzt.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- (2012) Binding of regulatory subunits of cyclic AMP-dependent protein kinase to cyclic SMP Agarose. PLoS ONE. 7(7): e39848
Hammerschmidt A, Chatterji B, Zeiser J, Schröder A, Genieser HG, Pich A, Kaever V, Schwede F, Wolter S, Seifert R
(Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039848) - (2013) MALDI imaging mass spectrometry and analysis of endogenous peptides. Expert Rev Proteomics. 10, 381-38
Chatterji BG, Pich A
(Siehe online unter https://doi.org/10.1586/14789450.2013.814939) - (2013) Metabolic adaptation of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis to the gut environment. Microbiology. 159, 380-391
Weigoldt M, Meens J, Bange FC, Pich A, Gerlach GF, Goethe R
(Siehe online unter https://doi.org/10.1099/mic.0.062737-0) - (2014) Autoimmune hepatitis in a murine APS-1 model is directed against multiple autoantigens. Hepatology Dec 5
Hardtke-Wolenski M, Taubert R, Noyan F, Sievers M, Dywicki J, Schlue J, Falk CS, Lundgren BA, Scott HS, Pich A, Anderson MS, Manns MP, Jaeckel E
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/hep.27639) - (2014) MALDI imaging mass spectrometry to investigate endogenous peptides in an animal model of Usher's disease. Proteomics 14, 1674-1687
Chatterji B, Dickhut C, Mielke S, Krüger J, Just I, Glage S, Meier M, Wedekind D, Pich A
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/pmic.201300558) - (2014) Vimentin mediates uptake of C3 exoenzyme. PLoS One. Jun 26;9(6):e101071
Rohrbeck A, Schröder A, Hagemann S, Pich A, Höltje M, Ahnert-Hilger G, Just I
(Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pone.0101071)
