Transcriptional Regulation of Osteoblast Differentiation

• Applicant: Professor Dr. Stefan Mundlos
• Subject Area: Orthopaedics, Traumatology, Reconstructive Surgery
• Term: from 2012 to 2015
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 210848907

• Final Report Year: 2015

Final Report Abstract

Insgesamt konnte in dieser Arbeit gezeigt werden, dass Micro-RNAs eine wichtige Rolle in der Genregulation der Osteoblastendifferenzierung spielen. Ferner konnten wir eine direkte Beeinflussung des BMP-Signalweges durch spezifische Micro-RNAs nachweisen. Schließlich war es das Ziel, neue bioinformatische Verfahren zu entwickeln, mit denen die transkriptionelle Regulation bei der Zelldifferenzierung besser analysiert werden kann. Abweichend von dem ursprünglichen Plan hat sich unsere Arbeit hierbei auf eine Verbesserung des Peak-Calling bei der ChiP-seq-Methode konzentriert. Dies ist hervorgegangen aus der initialen Problemstellung.

Publications

• (2013) Distinct global shifts in genomic binding profiles of limb malformation-associated HOXD13 mutations. Genome Res. 23(12):2091-102
  Ibrahim DM, Hansen P, Rödelsperger C, Stiege AC, Doelken SC, Horn D, Jäger M, Janetzki C, Krawitz P, Leschik G, Wagner F, Scheuer T, Schmidt-von Kegler M, Seemann P, Timmermann B, Robinson PN, Mundlos S, Hecht J
  (See online at https://doi.org/10.1101/gr.157610.113)
• (2015) Saturation analysis of ChIP-seq data for reproducible identification of binding peaks. Genome Res. 2015 Jul 10. pii: gr.189894.115 [Epub ahead of print]
  Hansen P, Hecht J, Ibrahim D, Krannich A, Truss M, Robinson PN
  (See online at https://doi.org/10.1101/gr.189894.115)
• MiR-497~195 cluster microRNAs regulate osteoblast differentiation by targeting BMP signaling. J Bone Miner Res. 2015 May;30(5):796-808
  Grünhagen J, Bhushan R, Degenkolbe E, Jäger M, Knaus P, Mundlos S, Robinson PN, Ott CE
  (See online at https://doi.org/10.1002/jbmr.2412)