Inference of phylogenetic networks in the presence of hybridization, horizontal transfer or recombination.

• Applicant: Professor Dr. Daniel H. Huson
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2005 to 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 21152761

• Final Report Year: 2010

Final Report Abstract

Das Ziel dieses Projektes war es, Algorithmen zu entwickeln, die es ermöglichen, evolutionäre Fragestellungen mittels Phylogenetischer Netzwerke zu untersuchen. Um dieses Ziel zu erreichen, wurden neue Algorithmen zur Berechnung und Visualiserung solcher Netzwerke entwickelt, implementiert und veröffenthcht, Methoden für Splits-Netzwerken werden im Rahmen unserer SplitsTree Software (http://www.splitstr ee.org) zur Verfügung gestellt, Methoden für gewurzelte Netzwerke sind in unserem Programm Dendroscope2 implementiert (htpp://www.dendroscope.org). Dendroscope2 ist ein Visualisierungswerkzeug für phylogenetische Bäume und Netzwerke, welches auch einige Methoden bietet, um Netzwerke aus Bäumen zu berechnen. Das Hauptergebnis dieses Projektes ist ein neues Buch Phylogenetic Networks von Daniel H. Huson, Regula Rupp und Celine Scornavacca, welches eine Einführung gibt, die Theorien der ungewurzelten und gewurzelten Netzwerke entwickelt und systematisch die existierenden Algorithmen und ihre Anwendungen darstellt. Das Buch erscheint bei Cambridge University Press im Dezember 2010.

Publications

• Reducing distortion in phylogenetic networks. In P. Bücher and B. M. E, Moret, editors, Algorithms in Bioinformatics. Proceedings of the 6th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), volume 4175 of LNBI, pages 150-161. Springer, 2006
  D. H. Huson, M. A. Steel, and J. Whitfield
  
• Beyond galled trees - decomposition and computation of galled networks. In Research in Com.putational Molecular Biology: Proceedings of the J 1th International Conference on Research in Computational Molecular. Biology (RECOMB), volume 4453 of LNCS, pages 211-225. Springer, 2007
  D. H. Huson and T. H. Klöpper
  
• Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees. BMC Bioinformatics, 8(1):460, 2007
  D. H. Huson, D. C. Richter, C. Rausch, T. Dezulian, M. Franz, and R. Rupp
  
• Split networks and reticulate networks. In O. Gascuel and M. A. Steel, editors, Reconstructing Evolution: new mathematical and computational advances, pages 247-276. Oxford University Press, 2007
  D. H. Huson
  
• Drawing expUcit phylogenetic networks and their integration into splitstree. BMC Bioinformatics, 2008
  T. H. Kloepper and D. H. Huson
  
• Filtered Z-closure supernetworks for extracting and visualizing recurrent signal from incongruent gene trees. Systematic Biology, 57(6):939-947, 2008
  J. Whitfield, S. Cameron, D. Huson, and M. Steel
  
• Improved layout of phylogenetic networks. I E E E / A C M Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 5(3):472- 479, 2008
  P. Gambette and D. H. Huson
  
• Summarizing multiple gene trees using cluster networks. In Algorithms in Bioinformatics: Proceedings of tfie Eightli Intemational Workshop on Algorithms in Bioinformaiicsy (WABIJ, volume 5251 of LNBI, pages 211-225, 2008
  D. Huson and R. Rupp
  
• Computing galled networks from real data.Bioinformatics, 25(12), 2009
  D. H. Huson, R. Rupp, V. Berry, P. Gambette, and C. Paul
  
• Drawing rooted,phylogenetic networks. I E E E / A C M Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 6(1):103-109, 2009
  D. H. Huson
  
• Special section: Phylogenetics. I E E E / A C M Transactions in computational biology and bioinformatics, 6(1):4-6, 2009
  D. H. Huson, V. Moulton, and M. A. Steel
  
• Phylogenetic Networks. Cambridge University Press, 2010
  D. H. Huson, R. Rupp, and C. Scornavacca