Verbesserung des eukaryotischen Genvorhersageprogramms AUGUSTUS

• Applicant: Professor Dr. Mario Stanke
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2005 to 2006
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 21317247

Das Programm AUGUSTUS, das proteinkodierende Gene in DNA-Sequenzen von Eukaryoten - höhere Lebewesen wie Tiere und Pflanzen - findet, soll weiter verbessert werden. Der Umfang der Vorhersage soll vergrößert und die Zuverlässigkeit der Vorhersage erhöht werden.Es sollen nicht nur wie bisher die proteinkodierenden Bereiche eines Gens vorhergesagt werden, sondern zusätzlich noch die nicht-kodierenden transkribierten Bereiche (5 -UTR und 3 -UTR). Hierfür muss das zugrundeliegende Modell um Exons und Introns in den nicht-kodierenden Bereichen erweitert werden. Die Vorhersagen von externen Programmen, die Promotorregionen suchen, sollen dann über eine bereits vorhandene Schnittstelle bei der Genvorhersage mitberücksichtigt werden. Diese Erweiterung soll die Nützlichkeit und Zuverlässigkeit der Vorhersagen erhöhen.Alignments des Zielgenoms mit genomischen Sequenzen von anderen Spezies sollen verwendet werden um die Vorhersagegenauigkeit möglichst stark zu verbessern. Der für die vergleichende Genvorhersage relevante Informationsgehalt eines Multi- Spezies-Alignments muss zunächst untersucht werden. Dann muss möglichst viel vom Informationsgehalt eines solchen Alignments als externe Hinweise auf die Genstruktur formuliert werden. Diese Hinweise werden in das vorhandene probabilistische Modell integriert werden um so zu einer Genvorhersage zu kommen, die gemeinsam sequenz-intrinsische Indizien und extrinsische Hinweise aus Genomvergleichen abwägt.

• DFG Programme: Research Fellowships
• International Connection: USA
• Host: Professor Dr. David Haussler