Flüssigkeitschromatographie-gekoppeltes Elektrospray-Ionisations-Massenspektrometer

• Subject Area: Medicine
• Term: Funded in 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 222431658

• Final Report Year: 2017

Final Report Abstract

Das Massenspektrometer wurde für die Zentrale Serviceeinheit Proteomanalyse der Universitätsmedizin Göttingen (UMG) beschafft und stützt seit der Inbetriebnahme Ende 2012 die Forschungsinfrastruktur des Hauses. Als erstem Massenspektrometer der Serviceeinheit kommt dem System dabei eine zentrale Bedeutung zu. Das System wird von einer Vielzahl forschender Gruppen der UMG Routine Analysen verwendet, insbesondere zur Proteinidentifizierung, zur Analyse von Affinitätsaufreinigungen (AP-MS) und zur globalen Proteomanalyse entweder nach Isotopenmarkierung durch das sog. SILAC-Verfahren oder oder durch serielle Messungen ohne Isotopenlabel (sog. Labelfreie Analysen). Das Instrument wird in den unten aufgelisteten Drittmittelprojekten verwendet; insbesondere in dem SFB1190 (Compartmental Gates and Contact Sites within Cells) kommt dem Instrument mit den genannten Arbeitsabläufen eine zentrale Bedeutung zu, da es innerhalb des Z02 Projektes Massenspektrometrische Proteomanalyse stark frequentiert wird. Innerhalb des SFB 1190 wurde ein Techniker eingestellt, der für die Proteomanalysen zuständig ist und damit auch für das hier beschriebene Massenspektrometer.

Publications

• The SUMO1- E67 Interacting Loop Peptide Is an Allosteric Inhibitor of the Dipeptidyl Peptidases 8 and 9. J Biol Chem 288, 32787-32796 (2013)
  Pilla, Esther; Kilisch, Markus; Lenz, Christof; Urlaub, Henning & Geiss-Friedlander, Ruth
  
• Quantitative mass spectrometric profiling of cancer-cell proteomes derived from liquid and solid tumors. Journal of Visualized Experiments, 96:e52435. (2015)
  Bohnenberger, Hanibal; Ströbel, Philipp; Mohr, Sebastian; Corso, Jasmin; Berg, Tobias; Urlaub, Henning; Lenz, Christof; Serve, Hubert & Oellerich, Thomas
  
• ‚A deep proteomics perspective on CRM1-mediated nuclear export and nucleocytoplasmic partitioning.’ Elife. 4, pii: e11466 (2015)
  Kırlı, Koray; Karaca, Samir; Dehne, Heinz Jürgen; Samwer, Matthias; Pan, Kuan Ting; Lenz, Christof; Urlaub, Henning & Görlich, Dirk
  
• DPP9 is a novel component of the N-end rule pathway targeting the tyrosine kinase Syk. eLife. 5. pii: e16370 (2016)
  Justa-Schuch D, Silva-Garcia M, Pilla E, Engelke M, et al.
  
• Elucidation of tonic and activated B-cell receptor signaling in Burkitt's lymphoma provides insights into regulation of cell survival. Proc Natl Acad Sci USA. 113(20):5688-93 (2016)
  Corso, Jasmin; Pan, Kuan-Ting; Walter, Roland; Doebele, Carmen; Mohr, Sebastian; Bohnenberger, Hanibal; Ströbel, Philipp; Lenz, Christof; Slabicki, Mikolaj; Hüllein, Jennifer; Comoglio, Federico; Rieger, Michael A.; Zenz, Thorsten; Wienands, Jürgen; Engelke, Michael; Serve, Hubert; Urlaub, Henning & Oellerich, Thomas
  
• Hair cell synaptic dysfunction, auditory fatigue and thermal sensitivity in otoferlin Ile515Thr mutants. EMBO J. 35, 2519-2535 (2016)
  Strenzke, Nicola; Chakrabarti, Rituparna; Al‐Moyed, Hanan; Müller, Alexandra; Hoch, Gerhard; Pangrsic, Tina; Yamanbaeva, Gulnara; Lenz, Christof; Pan, Kuan‐Ting; Auge, Elisabeth; Geiss‐Friedlander, Ruth; Urlaub, Henning; Brose, Nils; Wichmann, Carolin & Reisinger, Ellen
  
• The adaptor protein CIN85 assembles intracellular signaling clusters for B cell activation. Sci Signal. 9(434):ra66 (2016)
  Kühn, Julius; Wong, Leo E.; Pirkuliyeva, Sona; Schulz, Kathrin; Schwiegk, Claudia; Fünfgeld, Kevser Gencalp; Keppler, Selina; Batista, Facundo D.; Urlaub, Henning; Habeck, Michael; Becker, Stefan; Griesinger, Christian & Wienands, Jürgen
  
• ‚Calpainmediated cleavage of collapsing response mediator protein-2 drives acute axonal degeneration.’ Sci Rep. 6, 37050 (2016)
  Zhang, Jian-Nan; Michel, Uwe; Lenz, Christof; Friedel, Caroline C.; Köster, Sarah; d’Hedouville, Zara; Tönges, Lars; Urlaub, Henning; Bähr, Mathias; Lingor, Paul & Koch, Jan C.
  
• ‚TIM29 is a subunit of the human carrier translocase required for protein transport.’ FEBS Lett. 590, 4147-4158 (2016)
  Callegari, Sylvie; Richter, Frank; Chojnacka, Katarzyna; Jans, Daniel C.; Lorenzi, Isotta; Pacheu‐Grau, David; Jakobs, Stefan; Lenz, Christof; Urlaub, Henning; Dudek, Jan; Chacinska, Agnieszka & Rehling, Peter
  
• ‚Hypoxiastimulated membrane trafficking requires T-plastin’, Acta Physiol (Oxf). (2017) Feb 20
  Wottawa, M.; Naas, S.; Böttger, J.; van Belle, G. J.; Möbius, W.; Revelo, N. H.; Heidenreich, D.; von Ahlen, M.; Zieseniss, A.; Kröhnert, K.; Lutz, S.; Lenz, C.; Urlaub, H.; Rizzoli, S. O. & Katschinski, D. M.