Untersuchung von Strukturbildungsprozessen induziert durch Bindungsvorgänge mittels Moleküldynamiksimulationen (B02)

• Fachliche Zuordnung: Biophysik
• Förderung: Förderung von 2012 bis 2024
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 201302640

Moleküldynamik-(MD)-Simulationen erlauben die Untersuchung von Bindeprozessen und assoziierten Konformationsänderungen bei atomarer Auflösung. Wir planen die Anwendung von MD-Simulationen und verbesserter Suchmethoden auf Modellsysteme, um Konformations Schaltungsprozesse in molekularem Detail zu verstehen. Die meisten dieser Systeme werden im SFB experimentell untersucht. Dies beinhaltet eine DNA-bindende Proteindomäne, die erst bei der Bindung an DNA in eine gefaltete Form übergeht, sowie den Faltungsübergang eines Proteinsegments im Interleukin IL23α, das bei Bindung an IL12β faltet und dann einen funktionellen IL23-Komplex bildet. Darüber hinaus soll auch der Einfluss von post-translationalen Modifikationen auf Schaltvorgänge in GTPasen untersucht werden. Verfügbare experimentelle Daten sollen zum Vergleich und zum Start der Simulationsstudien herangezogen werden.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1035: Kontrolle von Proteinfunktion durch konformationelles Schalten
• Antragstellende Institution: Technische Universität München (TUM)
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Martin Zacharias