Mechanistic and proteomic analyses of NF-kappaB-driven lymphomas

• Antragsteller: Professor Dr. Marc Schmidt-Supprian
• Fachliche Zuordnung: Hämatologie, Onkologie ; Immunologie
• Förderung: Förderung von 2012 bis 2017
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 224805578

C-Rel ist ein Transkriptionsfaktor der NF-қB Familie. Sein Genlokus liegt im diffus-großzelligen B-Zell(DLBCL)-Lymphom, im primären mediastinalen großzelligen B-Zell(PMBCL)-Lymphom und im Hodgkin Lymphom häufig amplifiziert vor. Im DLBCL wurde außerdem eine Lymphom-spezifische Spleißvariante beschrieben, in der Exon 10 fehlt. Wir konnten in Vorarbeiten zeigen, dass Exon 10 eine funktionale Sumoylierungs-Stelle kodiert. Wir wollen deshalb die Rolle der Überexpression und des alternative Spleißens von c-Rel während der Lymphomgenese erkunden. Zu diesem Zweck haben wir genetisch modifizierte murine c-Rel Loci auf einem bakteriellen artifiziellen Chromosom (BAC) generiert. Dabei wurde Exon 9, das Maus Homolog des humanen Exon 10, mit Frt Stellen flankiert und c-Rel N-terminal mit GFP und/oder C-terminal mit einem 3x FLAG Expressionstag fusioniert. C-Rel wird von diesen BAC loci entweder unter Kontrolle seines endogenen Promoters, oder unter Kontrolle eines konditionalen CAG Promoters exprimiert. In BAC-rekonstituierten, c-Rel-defizienten MEFs können sowohl c-Rel, seine Spleißvariante als auch die Fusionsproteine konditional dramatisch überexprimiert werden. Wir generieren nun BAC-transgene Mäuse. Die Konsequenzen der Überexpression und des alternativen Spleißens von c-Rel für die Entwicklung und Funktionen der B-Zellen werden in der Maus ermittelt. Ihre Rollen während der Lymphomgenese werden in Kombination mit anderen relevanten onkogenen Veränderungen, die entweder bei uns im Labor oder bei unseren Kollaborationspartner verfügbar sind, studiert. Diese Experimente sollen durch Knock-down-Ansätze in relevanten Lymphomzell-Linien ergänzt werden.Die Identifizierung verschiedener Lymphomentitäten anhand ihrer Genexpressionsprofile war ein Durchbruch in der Lymphomklassifizierung. Es ist zur Zeit aber unklar, in welchem Ausmaß die unterschiedliche Genexpression Unterschieden auf der Proteinebene entspricht. Wir wollen diese wichtige Frage anhand moderner Methoden der quantitativen Massenspektrometrie in Kollaboration mit Matthias Mann adressieren. Zu diesem Zweck haben wir ein Lymphom-Super-SILAC Proteingemisch hergestellt und als internen Standard für die Quantifizierung der Proteome von 5 aktivierten B-Zell-ähnlichen (ABC-) und 5 Keimzentrums B-Zell-ähnlichen (GCB)-DLBCL Zell-Linien und 4 Proben von Patienten mit chronischer lymphatischer Leukämie (BCLL) verwendet. In nicht-überwachten hierarchischen Analysen wurden die Zell-Linien gemäß ihrer Klassifikation (ABC-, GCB-DLBCL und BCLL) eingruppiert. Wir wollen diese Experimente jetzt auf eine größere Kollektion von Primärmaterial von Patienten mit DLBCL und PMBC ausweiten, die wir von unseren Kollaborationspartnern erhalten. Die Proteomdaten sollen dann zusammen mit vorhandenen Genexpressionsdaten (mRNA und miRNA) analysiert werden, um eine komplette molekulare Erfassung dieser Lymphome zu erhalten.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen