dRNA-seq-based analysis of the Thermococcus kodakarensis KOD1 transcriptional landscape to identify growth-regulated small regulatory RNAs

• Antragsteller: Dr. Dominik Jäger
• Fachliche Zuordnung: Mikrobielle Ökologie und Angewandte Mikrobiologie
• Förderung: Förderung von 2012 bis 2014
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 231518383

Unter anderem revolutionierte das Aufkommen von Hochdruchsatz-Sequenzierungs-Technologien die Charakterisierung von RNA Populationen von der Mikrobe bis zum Menschen, jedoch wurde noch kein Vertreter der hyperthermophilen Euryarchaeota analysiert. Das vorgeschlagene Forschungsprojekt hat zum Ziel einen detaillierten Einblick in die (s)RNA Population von Thermococcus kodakarensis KOD1 zu gewinnen. Dafür soll eine kürzlich entwickelte Methode zur differenziellen Hochdurchsatz-Sequenzierung von cDNA Bibliotheken (dRNA-seq) angewendet werden, um das Transkriptom von T. kodakarensis in Abhängigkeit der Wachstumsphase zu analysieren. Abgesehen von der Transkriptom-Analyse, fokussieren sich die Experimente dabei auf die genetische, bioinformatische und biochemische Charakterisierung von ausgewählten sRNAs, um deren biologische Funktion sowie potentiell interagierende (m)RNAs zu identifizieren. Im Hinblick darauf soll ein Reportersystem etabliert werden, um mögliche Interaktionen in vivo nachzuweisen. Weitere Experimente konzentrieren sich auf die funktionelle Rolle des RNA-Chaperons Lsm. Für diesen Zweck werden Affinitäts-Tags für die Co-Immunoprezipitation des Lsm Proteins, oder auch von stabilen sRNAs, verwendet, um potentielle Interaktionspartner in vitro und in vivo zu identifizieren. Zusammengefasst wird dieser Ansatz zu einem besseren Verständnis der regulatorischen Rolle von sRNAs in der Domäne der Archaea beitragen.

• DFG-Verfahren: Forschungsstipendien
• Internationaler Bezug: USA
• Gastgeber: Professor Dr. John Reeve