Ecotype analysis for functional domain mapping of plant RNA editing proteins

• Antragsteller: Privatdozent Dr. Mizuki Takenaka
• Fachliche Zuordnung: Genetik und Genomik der Pflanzen ; Pflanzenphysiologie
• Förderung: Förderung von 2013 bis 2016
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 236617702

RNA Editing in Mitochondrien und Plastiden von Pflanzen verändert an bestimmten Positionen in mRNAs und tRNAs C-Nukleotide zu U. Einige spezifische und allgemeine Proteinfaktoren wurden kürzlich identifiziert. Spezifische Faktoren sind durch etwa 35 Aminosäuren lange Elemente charakterisiert, die vermutlich direkt Nukleotide in der RNA erkennen. Die Funktion der anderen Domänen ist noch unbekannt. Die Funktion der allgemeineren, ebenfalls notwendigen Proteine und ihrer konservierten zentralen Domäne ist ebenfalls noch unbekannt. In diesem Projekt soll die natürliche Variation zwischen Ökotypen in Arabidopsis thaliana genutzt werden, um die Funktion dieser Proteindomänen besser zu verstehen. Proteinvarianten mit Unterschieden in der Funktion dieser Proteine werden dazu beitragen, die Bedeutung einzelner Aminosäurepositionen aufzuklären. Diese Informationen über die Toleranz der Proteinoberfläche werden Vorhersagen über Funktion und Struktur dieser RNA Editing Faktoren ermöglichen. Diese werden experimentell überprüft.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen