Benchtop-Hochdurchsatz Sequenziergerät
Final Report Abstract
Das ‚Benchtop’ Sequenziergerät liefert robuste Analysen mit Sequenzierlängen bis zu 100b hoher Qualität und zwischen 80 - 100 Mio reads je Anwendung und Lauf. Das Gerät wurde i.w. für die Transkriptionsprofilierung (RNAseq) eingesetzt, sowie weiterhin für den Einsatz in Massiv-Parallelen- Reportergen-Assays (MPRA) und das Testen von Protokollen und Antikörpern zur Verwendung in Chromatin-Immunpräzipitationen (CHIPseq). Im Vordergrund der Verwendung stand bisher der Einsatz in RNAseq Analysen im Rahmen des DFG geförderten Schwerpunktprogramms ‚Neuroglia’ (SPP 1757: Funktionelle Spezialisierung von Gliazellen als kritische Determinanten der Hirnaktivität). Dazu wurde in Zusammenarbeit mit verschiedenen Arbeitsgruppen des SPP1757 gliale Zelltypen (u.a. Astrozyten, NG2-Glia, Mikroglia) aus bestimmten Hirnregionen durch ‚magnetic-assisted cell sorting’ (MACS) oder ‚fluorescent-assited cell sorting’ (FACS) Verfahren isoliert und die RNA gewonnen. Diese geringen RNA Mengen wurden unter standardisierten Bedingungen amplifiziert und sequenziert. Die Ziele dieser Anwendungen sind, u.a. die regionale molekulare Spezialisierung von Gliazellen besser zu verstehen. Weiterhin wurden Methoden zur Durchführung von MPRAs getestet um Signalverarbeitungsprozesse in glialen und neuronalen Zellen besser zu verstehen.
Publications
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