Discovery of New Riboswitches in Archaea and Eukaryotes with Computational Methods

• Applicant: Dr. Matthias Höchsmann
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2006 to 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 24592985

Riboswitche sind eine Klasse von nicht-kodierenden RNAs, die sehr spezifisch und abhängig von der Anwesenheit eines bestimmtes Moleküls Gene regulieren können. Eine Vielzahl von Riboswitchen wurde in Bakterien entdeckt. Die molekularen Mechanismen, die für die regulatorsiche Funktion verantwortlich sind, geben Anlass zu der Hypothese, dass diese Form der Genregulation schon zur Zeit der Archaean existierte und auch noch in eukaryotischen Zellen Anwendung findet. Das primäre Ziel dieses Projektes ist die Entdeckung von Archaea-typischen Riboswitchen mit Methoden der Bioinformatik. Dazu werden zum einen existierende Tools (z.B. zur Vorhersage von nicht-kodierenden RNAs) kombiniert, als auch neue Algorithmen entwickelt. Microarray-Experimente zur Co-Transkription von RNAs, die für die zu untersuchenden Organismen durchgeführt werden, werden ein wichtiges Plausibilitätskriterium für die weitere Analyse von potentiellen Riboswitchen sein. Aussichtsreiche Vorhersagen werden anschließend weitergehend experimentell untersucht. Erfolgreiche Strategien sollen darüber hinaus auch zur Vorhersage von eukaryotischen Riboswitchen verwendet werden.

• DFG Programme: Research Fellowships
• International Connection: USA
• Host: Professor Dr. Todd M. Lowe