Funktionelle Charakterisierung von mesenchymalen stammzell-derivativen lncRNAs

• Antragsteller: Dr. Philipp Maass
• Fachliche Zuordnung: Humangenetik
• Förderung: Förderung von 2014 bis 2017
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 267068313

Lange nicht-kodierende RNAs (lncRNAs) sind wichtige transkriptionelle Regulatoren, die in diversen biologischen Prozessen involviert sind. Wir konnten auf Chromosom 12p die chondrogene lncRNA CISTR-ACT identifizieren, die in cis PTHLH koreguliert und in trans mit essentiellen Chondrogenesegenen auf dem nicht-homologen Chromosom 17 interagiert. Die feinregulatorischen Mechanismen von lncRNAs, insbesondere die Assoziation mit Proteinen, die in trans interchromosomale Kontakte bedingen, sind weitgehend unbekannt. Multipotente humane mesenchymale Stammzellen (MSC) wurden in unterschiedliche Stadien der Chondrogenese differenziert, um regulierte lncRNAs zu identifizieren, die mit der Expression chondrogener Gene korrelieren. In Kombination mit der Methode ChIRP (Chromatin Isolation durch RNA Aufreinigung) werden in trans agierende lncRNAs identifiziert werden. Durch die Visualisierung der lncRNA Transkripte mit Hilfe der Einzel-Molekül RNA-FISH (smRNA-FISH), können Erkenntnisse zur nukleären Organisation und der lncRNA-vermittelten Organization der chromosomalen Territorien gewonnen werden. Validierte in trans agierende lncRNAs werden massenspektrometrisch analysiert werden, um weitere neue RNA-bindende Proteine (RBP) zu detektieren, die Einblick geben in die Generierung der dreidimensionalen Genomarchitektur. Die Feinregulation der Genexpression durch lncRNAs mit ihren assoziierten Proteinen ist Gegenstand aktuellster Forschung. Die Ergebnisse dieses Projekts werden das Verständnis der Genomorganisation und epigenetischen Genregulation durch in trans agierende lncRNAs erweitern.

• DFG-Verfahren: Forschungsstipendien
• Internationaler Bezug: USA
• Gastgeber: Professor John L. Rinn, Ph.D.