Genome wide analysis of maternal RNA decay patterns in Drosopila melanogaster

• Applicant: Dr. Stefan Thomsen
• Subject Area: General Genetics and Functional Genome Biology
• Term: from 2006 to 2011
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 27051689

Regulierer RNA-Zerfall ist eine bisher nur unzureichend untersuchte Ebene der Genregulation. In der geplanten Studie wird der Einfluss und das Ausmaß der Regulierung dieser Ebene genomweit in einem entwicklungsbiologisch signifikanten Kontext in Drosophila melanogaster ¿ i.e. der Aktivierung reifer Oocyten - untersucht. Reife Drosophila Oocyten werden im Zuge ihrer Aktivierung auf die folgende Embryonalentwicklung vorbereitet. Es sind bisher lediglich einzelne Transkripte untersucht, die durch den Prozess der Aktivierung getriggert zerfallen. RNA-Zerfall lässt sich exakt nur bei gleichzeitig unterdrückter oder ruhender Transkription untersuchen. Im Gegensatz zu anderen Modellorganismen ist die Aktivierung der Oocyten in Drosophila unabhängig von der Befruchtung. Unbefruchtete Oocyten - vor und nach ihrer Aktivierung - stellen somit von Natur aus transkriptionsfreie Systeme dar. Fluktuationen individueller mRNA-Niveaus reflektieren hier direkt den Zerfall der im Zuge der Oogenese in der Eizelle deponierten maternalen Transkripte und lassen sich quantitativ durch Microarray-Assays erfassen. In dieser Studie werden genomweite RNA-Pegel aus Zeitreihen mit Oocyten vor und nach der Aktivierung generiert und in individuelle Transkript-Zerfallsraten transformiert. Anschließend wird untersucht, wie die RNA Zerfallsraten entsprechend (i) dem Aktivierungszustand der Oocyten sowie (ii) der Funktion der korrespondierenden Gene und (iii) der Sequenzeigenschaften der Transkripte variieren.

• DFG Programme: Research Fellowships
• International Connection: United Kingdom
• Host: Dr. Claudio Alonso