Hochauflösende Kartierung und quantitative Modellierung kooperativer RNA-Bindungen in mRNPs

• Antragsteller: Professor Dr. Patrick Cramer
• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung ; Biochemie
• Förderung: Förderung von 2016 bis 2019
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 313437620

• Erstellungsjahr: 2019

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Die Expression des Genoms umfaßt die Produktion von RNA-Molekülen, die unterschiedliche Lebenszeiten in der Zelle haben. Diese Lebenszeiten werden durch Proteine (Faktoren) reguliert, die den Abbau (Degradation) der RNA-Moleküle steuern. Die hier erzielten Ergebnisse führten zur Kartierung von RNA-degradierenden Faktoren entlang ihrer RNA-Substrate in einer eukaryontischen Zelle. Insbesondere wurde ermittelt, an welche RNA-Moleküle 30 verschiedene RNA- degradierende Faktoren in der Zelle binden und welche Faktoren die gleichen RNAs binden. Mithilfe einer ausgeklügelten bioinformatischen Analyse der Daten konnte zudem festgestellt werden, in welchen Bereichen der RNA-Moleküle die Faktoren binden. Das führte zu neuen Einsichten in die Wirkungsweise der Faktoren. Da die normale Funktion der Zelle kritisch von den RNA-Konzentrationen abhängt, die von diesen Faktoren stark beeinflusst werden, tragen unsere Einsichten dazu bei, den RNA-Stoffwechsel in gesunden Zellen besser zu verstehen.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

• Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors. eLife 2019;8:e47040
  Sohrabi-Jahromi, Salma; Hofmann, Katharina B; Boltendahl, Andrea; Roth, Christian; Gressel, Saskia; Baejen, Carlo; Soeding, Johannes & Cramer, Patrick
  
• Yeast mitochondrial protein Pet111p binds directly to two distinct targets in COX2 mRNA suggesting a mechanism of translational activation. J Biol Chem. 2019 Mar 25
  Jones, Julia L.; Hofmann, Katharina B.; Cowan, Andrew T.; Temiakov, Dmitry; Cramer, Patrick & Anikin, Michael