High-resolution mapping and quantitative modeling of cooperative RNA binding in mRNPs

• Applicant: Professor Dr. Patrick Cramer
• Subject Area: General Genetics and Functional Genome Biology ; Biochemistry
• Term: from 2016 to 2019
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 313437620

• Final Report Year: 2019

Final Report Abstract

Die Expression des Genoms umfaßt die Produktion von RNA-Molekülen, die unterschiedliche Lebenszeiten in der Zelle haben. Diese Lebenszeiten werden durch Proteine (Faktoren) reguliert, die den Abbau (Degradation) der RNA-Moleküle steuern. Die hier erzielten Ergebnisse führten zur Kartierung von RNA-degradierenden Faktoren entlang ihrer RNA-Substrate in einer eukaryontischen Zelle. Insbesondere wurde ermittelt, an welche RNA-Moleküle 30 verschiedene RNA- degradierende Faktoren in der Zelle binden und welche Faktoren die gleichen RNAs binden. Mithilfe einer ausgeklügelten bioinformatischen Analyse der Daten konnte zudem festgestellt werden, in welchen Bereichen der RNA-Moleküle die Faktoren binden. Das führte zu neuen Einsichten in die Wirkungsweise der Faktoren. Da die normale Funktion der Zelle kritisch von den RNA-Konzentrationen abhängt, die von diesen Faktoren stark beeinflusst werden, tragen unsere Einsichten dazu bei, den RNA-Stoffwechsel in gesunden Zellen besser zu verstehen.

Publications

• Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors. eLife 2019;8:e47040
  Sohrabi-Jahromi S, Hofmann KB, Boltendahl A, Roth C, Gressel S, Baejen C, Soeding J*, Cramer P
  
• Yeast mitochondrial protein Pet111p binds directly to two distinct targets in COX2 mRNA suggesting a mechanism of translational activation. J Biol Chem. 2019 Mar 25
  Jones JL, Hofmann KB, Cowan AT, Temiakov D, Cramer P, Anikin M