Pflege und Ausbau der zentralen Projektdatenbank (CPKB), Systembiomedizin- und Statistik-Pipeline

• Antragstellerinnen / Antragsteller: Professor Dr. Hauke Busch; Professorin Dr. Jeanette Erdmann (†); Professorin Dr. Inke Regina Koenig; Professor Dr. Michael Krawczak
• Fachliche Zuordnung: Molekulare und zelluläre Neurologie und Neuropathologie
• Förderung: Förderung seit 2016
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 287074911

Die Ziele des INF-Projekts in der zweiten Förderperiode von ProtectMove sind dreifach: eine zentrale Projekt-Wissensdatenbank (CPKB) zu entwickeln und zu unterhalten, die Teamkommunikation unterstützt, einen rechtlichen Rahmen für Datenmanagement bietet und deren langfristige Speicherung ermöglicht; hochrangige statistische Expertise in Bezug auf Studiendesign und -analyse zu unterstützen; einen Systems Medicine Core aufzubauen, der der Bioinformatik und Modellierung in allen Projekte dient. Die Aktivitäten werden von Gruppen in Lübeck, Kiel und dem Bioinformatik-Kern an der Universität Luxemburg durchgeführt. Die CPKB wird weiterhin für die langfristige Verwaltung, Speicherung und Governance aller Daten verantwortlich sein. Die Weiterentwicklung eines Forschungs-Wikis wird die interne Kommunikation innerhalb der Forschungsgruppe erleichtern. Ein Schwerpunkt wird die Ausrichtung der IT-Aktivitäten für ProtectMove auf die aktuelle Datenintegration am UKSH und Lübeck/Kiel sein. Die Biostatistik wird modernste biometrische Unterstützung bieten, einschließlich Studiendesign und epidemiologischer, statistische und maschineller Maschinlernansätzen. Diese Studien optimieren und die Integrität und Reproduzierbarkeit der Ergebnisse stärken. Der Systems Medicine Core bietet umfassende Analysen von Genom-, Transkriptom-, Epigenom-, Metabolom- und Phenomdaten. Die Datenanalyse wird je nach Bedarf und Wünschen der Projektpartner durchgeführt, von experimentellem Design, Qualitätskontrolle, Normalisierung und Datenannotation bis hin zur integrativen omics-Analyse und detaillierten Modellierung molekularer Signalwege. Die Datenverarbeitung erfolgt in standardisierten, aber adaptiven Workflows, die reproduzierbar als Singularitätscontainer in einer Hochleistungsrechnerumgebung auf dem Campus Lübeck laufen.Alle PIs verfügen über umfangreiche Erfahrung in der Leitung und Koordination von Informatik- Unterstützungsprojekten in medizinischen Forschungsnetzwerken. Die Krawczak-Gruppe war an der Implementierung und dem Betrieb des P2N-Biobank-Netzwerks in Kiel beteiligt und beteiligt sich an der Integration von patientenzentrierten Forschungs- und Pflegedaten. Die Erdmann- Gruppe verfügt über eine weltweit führende Expertise in der komplexen Genetik mit Schwerpunkt Kardio-Genetik. Die König-Gruppe verfügt über langjährige Expertise in groß angelegten genetischen epidemiologischen Studien, klinischen Studien, prognostischer Modellierung und der Entwicklung von maschinellen Lernmethoden. Die Busch-Gruppe leitet eine systembiologische Kerneinheit an der Universität Lübeck, entwickelt die HPC-Infrastruktur auf dem Campus und verfügt über Erfahrungen in der bioinformatischen Analyse verschiedener Datentypen. Die May- Gruppe hat einen Daten-Hub für die Parkinsonerkrankung (PD) etabliert, ist an internationalen Multi-Omics-Projekten zur Epilepsie-, Mikrobiom- und PD-Forschung beteiligt und hostet den ELIXIR-Knoten für Translationale Medizin.

• DFG-Verfahren: Forschungsgruppen
• Teilprojekt zu: FOR 2488: Reduzierte Penetranz bei erblichen Bewegungsstörungen: Aufklärung von Mechanismen endogener Krankheitsprotektion
• Internationaler Bezug: Luxemburg
• Partnerorganisation: Fonds National de la Recherche
• Kooperationspartner: Dr. Patrick May, Ph.D.