GRK 2344:  MeInBio - BioInMe: Untersuchung räumlicher und zeitlicher Dynamik der Genregulation mit hochauflösenden Hochdurchsatzverfahren

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung seit 2017
• Webseite: Zur Homepage
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 322977937

Das MeInBio GRK bringt eine Gruppe Wissenschaftler*innen aus unterschiedlichen Fakultäten und Forschungseinrichtungen zusammen, die mit diesem strukturierten Doktoranden*innenprogramm exzellente Ausbildungsmöglichkeiten schaffen, um die Kontrolle der Genexpression in hoher zeitlicher und räumlicher Auflösung aufzuklären. MeInBio untersucht kleine Zellpopulationen und Einzelzellen in entwicklungsbiologischen Übergangszuständen, in pathologischen oder adaptiven Prozessen. Der Forschungsauftrag zielt auf offene fundamentale Fragen der Transkriptionskontrolle, insbesondere: (1) wie Einzelzellen ihr Transkriptom, Epigenom, Proteom oder Metabolom an spezifische Umgebungseinflüsse oder während der Differenzierung anpassen, (2) inwiefern unter variablen Umweltbedingungen oder während der Differenzierung transkriptionelle Programme kleiner Zellpopulationen oder von Einzelzellen mit dynamischen Anpassungen der Chromatinarchitektur oder der RNA-Protein-Interaktion korrelieren, und (3) wie sich spezifische intra- und extrazelluläre Signale auf die temporäre Präsenz von Transkriptionsfaktoren an der DNA auswirken, oder wie diese die Chromatinstruktur verändern. Zur Aufklärung dieser Fragen setzt das GRK Hochdurchsatzmethoden und hochauflösende Technologien als experimentelle Grundlagen ein und entwickelt und verwendet bioinformatische Methoden für eine effiziente Datenanalyse. Allgemein sind moderne experimentelle Analysen immer noch unzureichend mit der professionellen bioinformatischen Datenanalyse verknüpft. Daher bildet MeInBio Doktorand*innen interdisziplinär im Experimentallabor sowie bioinformatisch aus und trägt damit zur verbesserten Qualifikation von Wissenschaftler*innen in zwei oftmals getrennt operierenden Gebieten bei. Ein herausragendes Merkmal des auf diese Bedürfnisse zugeschnittenen Qualifizierungskonzepts ist u.a. die Bildung interdisziplinärer Forschungstandems. Diese stimulieren den interdisziplinären Austausch, wodurch Limitationen beim Verständnis bioinformatischer Grundlagen oder molekularer Methoden, die zur Generierung großer Datensätze angewendet werden, überwunden werden. Dieses Ausbildungselement in Verbindung mit dem strukturierten Ausbildungsprogramm bereitet Doktorand*innen optimal auf einen wachsenden Arbeitsmarkt vor, der sowohl nach übergreifender Expertise in Experimentalmethoden und Bioinformatik verlangt als auch hochaufgelöste Einblicke in regulative Prozesse in kleinen Zellpopulationen oder Einzelzellen nachfragt.

• DFG-Verfahren: Graduiertenkollegs
• Antragstellende Institution: Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
• Beteiligte Institution: Max-Planck-Institut für Immunbiologie und Epigenetik
• Sprecherin: Professorin Dr. Tanja Vogel
• beteiligte Wissenschaftlerinnen / beteiligte Wissenschaftler: Professor Dr. Rolf Backofen; Professor Dr. Harald Binder, seit 3/2018; Professorin Dr. Melanie Börries; Dr. Nina Cabezas-Wallscheid; Professor Dr. Wolfgang Driever; Professor Dr. Andreas Hecht, bis 8/2023; Professor Dr. Wolfgang R. Hess; Professorin Dr. Anna Köttgen; Professor Dr. Thomas Laux; Dr. Thomas Manke; Privatdozent Dr. Ulrich Maurer; Dr. Sebastian Preißl, seit 9/2023; Professor Dr. Oliver Schilling; Eirini Trompouki, Ph.D., bis 11/2021; Professorin Dr. Annegret Wilde