Die Rolle kleiner Proteine im Pflanzenpathogen Xanthomonas

• Antragstellerinnen / Antragsteller: Professorin Dr. Ulla Bonas; Dr. Cornelius Schmidtke
• Fachliche Zuordnung: Stoffwechselphysiologie, Biochemie und Genetik der Mikroorganismen ; Zellbiologie
• Förderung: Förderung von 2017 bis 2022
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 379643416

Das gamma-Proteobakterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria verursacht die bakterielle Fleckenkrankheit von Paprika und Tomate. Basierend auf RNA-seq Analysen wurden 200 Transkripte identifiziert, die einen oder mehrere vorhergesagte kleine ORFs enthalten und potentielle µ-Proteine (10-50 Aminosäuren, AS) kodieren. 49 dieser Transkripte werden vermutlich durch die Schlüsselregulatoren HrpG und HrpX des Typ III Sekretionssystems kontrolliert, welches essentiell für die Pathogenität von Xcv ist.Ziel unseres Projektes ist die Identifizierung von translatierten sORFs und µ-Proteinen mit möglicher Rolle in der Virulenz von Xcv. Hierfür sollen folgende Analysen durchgeführt werden:(i) Genomweite Identifizierung translatierter sORFs und der entsprechenden µ-Proteine(ii) Identifizierung und Validierung potentiell sekretierter µ-Proteine(iii) Bioinformatische Analysen, Expressions- und Lokalisierungsstudien sowie funktionelle Analysen an ausgewählten Kandidaten zur Identifizierung von µ-Proteinen mit Virulenzfunktion(iv) Identifizierung von µ-Protein-Interaktionspartnern

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 2002: Kleine Proteine in Prokaryoten, eine unbekannte Welt