GSC 218: Konstanzer Graduiertenschule Chemische Biologie
Biologische Chemie und Lebensmittelchemie
Mikrobiologie, Virologie und Immunologie
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Die Aufklärung molekularer Mechanismen physiologischer und pathophysiologischer Prozesse steht im Fokus der Grundlagenforschung und der angewandten Forschung. Um diese faszinierende, aber auch herausfordernde Aufgabe zu meistern, müssen die Expertise unterschiedlicher Disziplinen gebündelt und neue innovative Ansätze entwickelt werden. Entsprechend besteht an akademischen und industriellen Forschungseinrichtungen ein zunehmend großer Bedarf an Wissenschaftlern, die an der Schnittstelle von Chemie und Biologie ausgebildet sind. Daher wurde die Konstanzer Graduiertenschule Chemische Biologie (KoRS-CB) gegründet, um ein optimales Umfeld zum Training zukünftiger Wissenschaftler/innen an der Schnittstelle zwischen Chemie und Biologie zu schaffen. Das Forschungsprogramm der KoRS-CB stützt sich auf enge Kooperationen zwischen den Konstanzer Fachbereichen Biologie, Chemie und Informatik & Informationswissenschaft. Dieses interdisziplinäre Konzept hat signifikant an Momentum gewonnen und sich gegenseitig befruchtende Ansätze, um zelluläre Prozesse auf molekularer Ebene verstehen zu können, entwickelt. Das Curriculum der KoRS-CB zielt darauf ab, ihre Promovierenden mit aktuellen Forschungsthemen in einem interdisziplinären Ansatz vertraut zu machen und ihnen die Kompetenz zu vermitteln, komplexe biologische Prozesse auf molekularer Ebene zu verstehen und experimentell anzugehen. Dies versetzt die Promovierenden in die Lage, eine erfolgreiche Laufbahn in akademischen oder industriellen Einrichtungen einzuschlagen. Das Trainingsprogramm der KoRS-CB, das auf dem 2002 geschaffenen und von den Fachbereichen Chemie und Biologie gemeinsam getragenen Studiengang Life Science (Bachelor/Master) beruht, wird laufend weiterentwickelt, um konzeptionellen und technologischen Neuerungen und den stetig steigenden Ansprüchen hinsichtlich wissenschaftlicher Fertigkeiten und sog. Schlüsselqualifikationen gerecht zu werden. Zusammengefasst haben das Forschungs- und Ausbildungsprogramm der KoRS-CB in Kombination mit einer zunehmenden Integration von international renommierten Forschungsstätten die Universität Konstanz als ein national und international ausgewiesenes Zentrum für Chemische Biologie platziert.
Link zum Abschlussbericht
https://dx.doi.org/10.2314/KXP:1698291612
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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S. Obeid M. Yulikov G. Jeschke A. Marx
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T. Muchamuel M. Basler M.A. Aujay E. Suzuki K.W. Kalim C. Lauer C. Sylvain E.R. Ring J. Shields J. Jiang P. Shwonek F. Parlati S.D. Demo M.K. Bennett C.J. Kirk M. Groettrup
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nm.1978) - Artificial ribozyme switches containing natural riboswitch aptamer domains. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 2715-2718
M. Wieland A. Benz B. Klauser J.S. Hartig
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.200805311) - BTB-1: A small molecule inhibitor of the mitotic motor protein Kif18A. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 9072-9076
M. Catarinella T. Grüner T. Strittmatter A. Marx T.U. Mayer
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.200904510) - Human Telomeric Quadruplex Conformations Studied by Pulsed EPR. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 9728-9730
S. Vijay M. Azarkh T.E. Exner J.S. Hartig M. Drescher
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B. Berschneider M. Wieland M. Rubini J.S. Hartig
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.200900851) - Total Syntheses of Cytotoxic, Naturally Occurring Kalasinamide, Geovanine, and Marcanine A. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 911-913
S. Lang U. Groth
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B. Holzberger M. Rubini H.M. Möller A. Marx
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C. Eichmann S. Preissler R. Riek E. Deuerling
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S. Obeid N. Blatter R. Kranaster A. Schnur K. Diederichs W. Welte A. Marx
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S. Obeid A. Baccaro W. Welte K. Diederichs A. Marx
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K. Betz F. Streckenbach A. Schnur T.E. Exner W. Welte K. Diederichs A. Marx
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S. Eger M. Scheffner A. Marx M. Rubini
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C.I. Fowler C.M. Muchemu R.E. Miller L. Phan C. O’Neill P.G. Jessop M.F. Cunningham
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J. Huber B. Scheinhardt T. Geldhauser J. Boneberg S. Mecking
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E. M. Huber M. Basler R. Schwab W. Heinemeyer C.J. Kirk M. Groettrup M. Groll
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K. Betz D.A. Malyshev T. Lavergne W. Welte K. Diederichs T.J. Dwyer P. Ordoukhanian F.E. Romesberg A. Marx
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B. Holzberger S. Obeid W. Welte K. Diederichs A. Marx
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K. Bergen A.-L. Steck S. Strütt A. Baccaro W. Welte K. Diederichs A. Marx
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R.E. Miller R. Sommer H. Fan V. Snieckus U. Groth
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S.M. Hacker N. Hardt A. Buntru D. Pagliarini M.M. Möckel T.U. Mayer M. Scheffner C.R. Hauck A. Marx
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S.M. Hacker D. Pagliarini T. Tischer N. Hardt D. Schneider M. Mex T.U. Mayer M. Scheffner A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201304723) - Immuno- and Constitutive Proteasomes Do Not Differ in Their Abilities to Degrade Ubiquitinated Proteins. Cell 2013, 152, 5, 1184- 1194
J. A. Nathan V. Spinnenhirn G. Schmidtke M. Basler M. Groettrup A.L. Goldberg
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W.K. Min C. Bruhn P. Grigaravicius Z.W. Zhou F. Li A. Krüger B. Siddeek K.O. Greulich O. Popp C. Meisezahl C.F. Calkhoven A. Bürkle X. Xu Z.Q. Wang
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M. Schmidt D. Summerer
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201300754) - Site-directed spin-labeling of nucleotides and the use of incell EPR to determine longrange distances in a biologically relevant environment. Nature Protocols 2013, 8, 131-147
M. Azarkh V. Singh O. Okle I.T. Seemann D.R. Dietrich J. S. Hartig M. Drescher
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S. Obeid H. Bußkamp W. Welte K. Diederichs A. Marx
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K. Betz D.A. Malyshev T. Lavergne W. Welte K. Diederichs F.E. Romesberg A. Marx
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N. Blatter K. Bergen O. Nolte W. Welte K. Diederichs K. Mayer M. Wieland A. Marx
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J. Kirstein-Miles A. Scior E. Deuerling R.I. Morimoto
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A. Niederwieser A.-K. Späte L.D. Nguyen C. Jüngst W. Reutter V. Wittmann
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M.J. Schmidt J. Borbas M. Drescher D. Summerer
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Y. Wang D. Rösner M. Grzywa A. Marx
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J. Aschenbrenner M. Drum H. Topal M. Wieland A. Marx
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T. Schneider D. Schneider D. Rösner S. Malhotra F. Mortensen T.U. Mayer M. Scheffner A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201407192) - Gd(III)-PyMTA Label Is Suitable for In-Cell EPR. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 43, 15366-15378
M. Qi A. Groß G. Jeschke A. Godt M. Drescher
(Siehe online unter https://doi.org/10.1021/ja508274d) - Inhibition of the immunoproteasome ameliorates experimental autoimmune encephalomyelitis. EMBO Molecular Medicine 2014, 6, 5, 569-703
M. Basler S. Mundt T. Muchamuel C. Moll J. Jiang M. Groettrup C.J. Kirk
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/emmm.201303543) - Modulating the pKa of a tyrosine in KlenTaq DNA polymerase that is crucial for abasic site bypass by in vivo incorporation of a noncanonical amino acid. ChemBioChem 2014, 15, 1735-1737
N. Blatter A. Prokup A. Deiters A. Marx
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G. Kubik M.J. Schmidt J.E. Penner D. Summerer
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S. M. Hacker F. Mortensen M. Scheffner A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201405259) - Sulphoglycolysis in Escherichia coli K-12 closes a gap in the biogeochemical sulphur cycle. Nature 2014, 507, 114-117
K. Denger M. Weiss A.-K. Felux A. Schneider C. Mayer D. Spiteller T. Huhn A.M. Cook D. Schleheck
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nature12947) - Synthetic Polyester from Algae Oil. Angew. Chem. Int. Ed. 2014 53, 26, 6800-6804
P. Roesle F. Stempfle S.K. Hess J. Zimmerer C. R. Bártulos B. Lepetit A. Eckert P.G. Kroth S. Mecking
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201403991) - An Entner-Doudoroff pathway for sulfoquinovose degradation in Pseudomonas putida SQ1. PNAS 2015, 112, 31, E4298-E4305
A.-K. Felux D. Spiteller J. Klebensberger D. Schleheck
(Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1507049112) - Chorismatase Mechanisms Reveal Fundamentally Different Types of Reaction in a Single Conserved Protein Fold. J. Am. Chem. Soc. 2015, 137, 34, 11032-11037
F. Hubrich P. Juneja M. Müller K. Diederichs W. Welte J.N. Andexer
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D. Rösner T. Schneider D. Schneider M. Scheffner A. Marx
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D. Verga M. Welter A.-L. Steck A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1039/c5cc01387a) - Not4-dependent translational repression is important for cellular protein homeostasis in yeast. EMBO Journal 2015, 34, 12
S. Preissler J. Reuther M. Koch A. Scior M. Bruderek T. Frickey E. Deuerling
(Siehe online unter https://doi.org/10.15252/embj.201490194) - Programmable Sensors of 5- Hydroxymethylcytosine. J. Am. Chem. Soc. 2015, 137, 1, 2-5
G. Kubik S. Batke D. Summerer
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A. Heim A. Konietzny T.U. Mayer
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F. Mortensen D. Schneider T. Barbic A. Sladewska- Marquardt S. Kühnle A. Marx M. Scheffner
(Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1505923112) - The principle of antagonism ensures protein targeting specificity at the endoplasmic reticulum. Science 2015, 348, 6231, 201-207
M. Gamerdinger M.A. Hanebuth T. Frickey E. Deuerling
(Siehe online unter https://doi.org/10.1126/science.aaa5335) - A cascading activity-based probe sequentially targets E1– E2–E3 ubiquitin enzymes. Nature Chem. Biol. 2016, 12, 7, 523-530
M.P.C. Mulder K. Witting I. Berlin J. N. Pruneda K.-P. Wu J.-G. Chang J. Bialas M. Groettrup F. El Oualid H. Ovaa
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nchembio.2084) - Bioorthogonally Functionalized NAD+ Analogues for In-Cell Visualization of Poly(ADP- Ribose) Formation. Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 27, 7660-7664
S. Wallrodt A. Buntz Y. Wang A. Zumbusch A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201600464) - Designer Extracellular Matrix Based on DNA-Peptide Networks Generated by Polymerase Chain Reaction. Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 34, 10136-10140
A. Finke H. Bußkamp M. Manea A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201604687) - Modified Nucleotides for Discrimination between Cytosine and the Epigenetic Marker 5-Methylcytosine. Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 9, 3229-3232
J. von Watzdorf K. Leitner A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201511520) - Multivalent contacts of the Hsp70 Ssb contribute to its architecture on ribosomes and nascent chain interaction. Nature Commun. 2016, 7, 13695
M.A. Hanebuth R. Kityk S.J. Fries A. Jain A. Kriel V. Albanese T. Frickey C. Peter M.P. Mayer J. Frydman E. Deuerling
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A. Buntz S. Wallrodt E.C. Gwosch M. Schmalz S. Beneke E. Ferrando-May A. Marx A. Zumbusch
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201605282) - Sequence-Specific Incorporation of Enzyme- Nucleotide Chimera by DNA Polymerases. Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 10131-10135
M. Welter D. Verga A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201604641) - Twister ribozymes as highly versatile expression platforms for artificial riboswitches. Nature Commun. 2016, 7, 12834
M. Felletti J. Stifel L.A. Wurmthaler S. Geiger J.S. Hartig
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms12834) - Visualization of Protein-Specific Glycosylation inside Living Cells. Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 6, 2262-2266
F. Doll A. Buntz A.-K. Späte V.F. Schart A. Timper W. Schrimpf C.R. Hauck A. Zumbusch V. Wittmann
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201503183) - Alpha-Synuclein Disease Mutations Are Structurally Defective and Locally Affect Membrane Binding. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 12, 4254-4257
M. Robotta J. Cattani J.C. Martins V. Subramaniam M. Drescher
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X. Zhao J. Lutz E. Höllmüller M. Scheffner A. Marx F. Stengel
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201705898) - Investigation of the action of poly(ADP-ribose)-synthesising enzymes on NAD+ analogues. Beilstein J. Org. Chem. 2017, 13, 495-501
S. Wallrodt E.L. Simpson A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.3762/bjoc.13.49) - Plastid thylakoid architecture optimizes photosynthesis in diatoms. Nature Commun. 2017, 8, 15885
S. Flori P.H. Jouneau B. Bailleul B. Gallet L.F. Estrozi C. Moriscot O. Bastien S. Eicke A.F. Schober C. Río Bártulos E. Maréchal P.G. Kroth D. Petroutsos S. Zeeman C. Breyton G. Schoehn D. Falconet G. Finazzi
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms15885) - Quantitative interactome of a membrane Bcl-2 network identifies a hierarchy of a complexes for apoptosis regulation Nature Commun. 2017, 8, 1, 73
S. Bleicken A. Hantusch K.K. Das T. Frickey A.J. Garcia-Saez
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41467-017-00086-6) - Structural Basis for Expansion of the Genetic Alphabet with an Artificial Nucleobase Pair. Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 39, 12000-12003
K. Betz M. Kimoto K. Diederichs I. Hirao A. Marx
(Siehe online unter https://doi.org/10.1002/anie.201704190) - Valorization of Unconventional Lipids from Microalgae or Tall Oil via a Selective Dual Catalysis One-Pot Approach. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 38, 13487-13491
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