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Projekt
Zentrales Projekt - Biobanking - In Vivo Imaging - Pathologie
Antragstellerinnen / Antragsteller
Professor Dr. Carsten Denkert; Professorin Dr. Petra Ina Pfefferle; Dr. Katrin Roth
Fachliche Zuordnung
Gastroenterologie
Förderung
Förderung seit 2017
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 329116008
Zentrales Projekt - BiobankingIn der ersten Förderperiode war die Marburger Biobank CBBMR für den Aufbau einer Projektbiobank für humane Bioproben verantwortlich. In Zusammenarbeit mit unseren klinischen Partnern wurde ein Workflow entwickelt, der eine schnelle und qualitätskontrollierte Erfassung von Pankreasgewebe und entsprechenden Blutproben ermöglicht. Parallel dazu wurden die klinischen Daten einschließlich Diagnosen und Prozeduren der rekrutierten Patienten, die automatisch aus dem lokalen Tumordokumentationssystem abgerufen wurden, im Biobank-Informationssystem dokumentiert. Bislang konnten n=114 Patienten für eine Biobankspende rekrutiert werden. Von diesen wurden schließlich n=91 Patienten mit einem duktalen Pankreastumor diagnostiziert. Wir stellten n=745 Gewebeschnitte von FFPE-Proben, vier Tissue-Mikro-Arrays mit N=201 Stanzen und je einen fresh-frozen Block von N=91 Patienten für weitere Analysen zur Verfügung. In der folgenden Förderperiode werden wir die Projektbiobank durch die Rekrutierung von weiteren n=190 Patienten erweitern. Basierend auf einem Ethikamandment werden wir die in der Biobank gesammelten Matrices durch den Aufbau einer Stuhl- und Organoidbank sowie einer Blut-DNA-Bibliothek erweitern. Zentrales Projekt - ImagingDas zentrale Projekt Imaging wird weiterhin anspruchsvolle In-vivo-Bildgebungstechniken anbieten. Eine wichtige Bildgebungstechnik bleibt das Kleintier-Ultraschallgerät. Nach einem erfolgreichen Start der intravitalen Bildgebung von Bauchspeicheldrüsenkrebszellen mit Zellen der Tumorumgebung (zytotoxische T-Zellen, Sternzellen, NK-Zellen) im Modell der dorsalen Hautfaltenkammer wird dies in der zweiten Förderperiode fortgesetzt. Zusätzlich zu den klassischen Bildgebungsmethoden (Konfokal, Weitfeld und Spinning Disk) wird es möglich sein, mithilfe der Lichtblattmikroskopie die Entwicklung von Tumororganoiden (Mensch und Maus) über die Zeit unter Behandlung mit Substanzen oder Einfluss von Immunzellen zu analysieren. Die dafür notwendigen Techniken werden standardisiert um konstant hochwertige Ultraschallmessungen und eine gleichbleibende Handhabung von Tieren während der In-vivo-Bildgebung sicherzustellen.Zentrales Projekt – PathologieDas Zentralprojekt Pathologie stellt den Mitgliedern der CRU histologisches und pathologisches Fachwissen zur Verfügung. Insbesondere können CRU-Mitglieder Unterstützung bei der Färbung von menschlichem Gewebe und Mausgewebe erhalten, ebenso wie bei der anschließenden Digitalisierung und der endgültigen Interpretation der Ergebnisse. Zusätzlich zu neuen FFPE-Proben, vom Zentralprojekt Biobanking werden retrospektive FFPE-Proben des Pathologie-Archivs in den Bestand aufgenommen. Basierend auf der EdgeSeq-Methode werden klinische FFPE-Proben zur Analyse der mRNA-Expression verwendet. Fachliche Unterstützung wird es auch bei der Planung von Protein- und RNA-Markern in klinischen Kohorten und der biostatistischen Auswertung gegeben.
DFG-Verfahren
Klinische Forschungsgruppen
