Sequenzspezifische und funktionale Analyse oxidativer Modifikationen in Nukleinsäuren – Implikationen für das epigenetische Gedächtnis in der Maus (A05)

• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
• Förderung: Förderung seit 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 325871075

Tet-vermittelte oxidative Modifikationen von 5-Methyl-Cytosin steuern Langzeit- und Kurzzeit-Effekte des epigenetischen Gedächtnisses. In diesem Projekt werden wir in enger zeitlicher Auflösung die Veränderungen Tet vermittelter, oxidativer Modifikationen (5hmC und 5fC) in ES-Zell-Modellen und primären menschlichen Zellen studieren. Wir werden dazu neue multimodale NGS Methoden anwenden, um gleichzeitig DNA-Modifikationen (5mC, 5hmC und 5fC) und offenes Chromatin (NoMe) zu detektieren. Mit Hilfe dieser Daten möchten wir dann die dynamischen Prozesse die durch oxidative Prozesse gesteuert werden modellieren und interpretieren. Wir werden dazu komplementär eine Reihe von Maus-Mutationen in Tet3 Isoformen analysieren um die Rolle dieser Isoformen für die Ausbildung und dynamische Regulation epigenetische Modifikationen und deren Auswirkung auf Transkription besser zu verstehen. Wir werden uns dabei auf die frühe Entwicklung der Maus und die Funktion von isolierten Zellen des Maus-Gehirns konzentrieren. Wir werden unsere molekularen und NGS Methoden mit integrativen Analysen kombinieren um die Rolle oxidativer Modifikationen für die dynamische Kontrolle transkriptioneller Veränderungen.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1309: Chemische Biologie epigenetischer Modifikationen
• Antragstellende Institution: Ludwig-Maximilians-Universität München
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Jörn E. Walter