Algorithmische Methoden zur Annotation von mitochondrialen Genomen in großen Umfang

• Antragsteller: Professor Dr. Martin Middendorf
• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie ; Datenmanagement, datenintensive Systeme, Informatik-Methoden in der Wirtschaftsinformatik
• Förderung: Förderung von 2018 bis 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 404363117

Mitogenome sind die Genome der Mitochondrien. Das sind Zellorganellen, die in den meisten eukaryotischen Zellen vorkommen. Durch die modernen Sequenzierungsverfahren werden Studien ermöglicht, welche die Sequenzierung von Mitgenomen für eine große Anzahl von Arten beinhalten. Hierdurch steigt die Anzahl der Arten, deren Mitogenomsequenzen bekannt sind, in den letzten Jahren zunehmend stark an. Eine automatische und umfassende Analyse aller bekannten Mitogenomdaten ist mit den bisherigen Informatikmethoden nicht möglich. Die existierenden Annotationsmethoden für Mitogenomsequenzen funktionieren oft nur semiautomatisch und die wenigen automatischen Methoden sind hinreichend gut nur für bestimmte Arten von Genen oder Merkmalen und nur für bestimmte Gruppen von Spezies. Zusätzlich reicht die Effizienz dieser Methoden für die schnelle gleichzeitige Annotation vieler Mitogenomsequenzen nicht aus. In diesem Projekt wollen wir die algorithmischen Grundlagen für eine effiziente und umfassende Annotation von Mitogenomsequenzen legen und zeigen wie sich die entwickelten Methoden einsetzen lassen zur Aufklärung der Evolution von Mitochondriengenomen. Des Weiteren soll untersucht werden, ob und wie sich die entwickelten Methoden eignen zur Annotation anderer kleiner Genome, insbesondere der Plastidgenome.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortlich: Professor Dr. Peter Florian Stadler