NGS Competence Center Tübingen (NCCT)

• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
• Förderung: Förderung seit 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 407494995

Aus dem starken Fokus der Universität Tübingen und ihrer Partnereinrichtungen des ‚Forschungscampus Tübingen’ (Max-Planck-Institute, Deutsche Zentren für Gesundheitsforschung) ergab sich bereits früh ein hoher Bedarf an massiv paralleler Sequenzierung (NGS) in der biomedizinischen Forschung und der klinischen Diagnostik. Das ambitionierte Forschungsprogramm in Tübingen wird stark von der Verfügbarkeit zusätzlicher Sequenzierkapazitäten profitieren, insbesondere in den Schwerpunktbereichen: genombasierte Gesundheitsforschung, Verständnis mikrobieller Lebensgemeinschaften, Verständnis von Modellsystemen sowie Bioinformatik und Datenwissenschaften. In allen vier Bereichen hat Tübingen exzellente Wissenschaftler mit hoher internationaler Sichtbarkeit vorzuweisen und der Bedarf an Sequenzierkapazität steigt erwiesenermaßen. Mehr als ein Dutzend Gruppen am Zentrum für Bioinformatik entwickeln modernste Algorithmen für die Analyse von Hochdurchsatzdaten. Das Max-Planck-Institute für intelligente System, der Fachbereich Informatik und das kürzlich eingerichtete ‚Cyber Valley’ steuern einzigartige Expertise im Bereich des maschinellen Lernens und der Datenwissenschaften hinzu, die auf umfangreiche Sequenzdaten angewendet werden.Um allen Wissenschaftlern in des Forschungscampus Tübingen NGS-Technologien anbieten zu können, wurden über das Zentrum für Quantitative Biologie (QBiC) Dienstleistungsstrukturen für Sequenzieren, Datenmanagement und –speicherung und Bioinformatik aufgebaut. QBiC integriert nicht nur die Sequenziereinrichtungen (Humangenomik: c.ATG; Medizinische Mikrobiologie: mikrobielle Genomik und Metagenomik), sondern kombiniert sie auch mit anderen Omics-Technologien (Proteomik, Metabolomik) und mit umfassender Expertise in Bioinformatik. QBiC ist in dieser Hinsicht einzigartig in Deutschland und bietet eine etablierte und nachhaltige Infrastruktur, die auch für externe Dienstleistungen im Rahmen eines NGS-Kompetenzzentrums ideal geeignet ist. Durch seine Integration in nationalen und internationalen Bioinformatik-Netzwerken (z.B. de.NBI, ELIXIR-DE, GO FAIR) kann QBiC auch Zugriff auf ein kompetentes und skalierbares Datenmanagement bieten. Beratung im Bereich NGS, Sequenzierung, Datenanalyse und Datenintegration für systemweite Fragestellungen wurde bereits für mehrere Hundert Projekte angeboten, die eine große Bandbreite an Taxa und Sequenziermethoden abdecken (RNA-Seq, targeted RNAseq, shRNAseq, ChIP-Seq, Methyl-Seq, mFAST-Seqs, Exome, Genome, flache Genome, MIPs, Panels, Amplicons, 16S rDNA, Shotgun-Metagenome). Mit dem integrierten NGS-Kompetenzzentrum Tübingen (NCCT) beabsichtigen wir die Datengenerierung auf allen Ebenen (Genome aller Taxa, Transkriptomik mit RNA-Seq, Epigenomik) auszubauen. QBiC wird dazu auch eine Data Science Academy aufbauen, in der eine neue Generation von Wissenschaftlern ausbilden wird, die mit der Generierung und Analyse von komplexen Hochdurchsatzdaten gleichermaßen vertraut sind.

• DFG-Verfahren: Großgeräteinitiative
• Großgeräte: High Throughput DNA Sequencer ; IT Infrastructure (Compute Cluster) ; IT Infrastructure (Data Storage) ; Laboratory Information Management System (IT) ; Long Read DNA Sequencer ; System for Sample Preparation (Automated Nucleic Acid Ectraction) ; System for Sample Preparation (Library Preparation System)
• Gerätegruppe: 1060 Dilutoren, Pipettiergeräte, Probennehmer ; 3150 DNA-Sequenzer ; 7031 Labor-EDV-Systeme ; 7070 Arbeitsplatzrechner, Personalcomputer ; 7100 Arbeitsspeicher, RAM
• Antragstellende Institution: Eberhard Karls Universität Tübingen
• Leiter: Professor Dr. Olaf Riess