Funktionelle und strukturelle Annotation von kleinen Proteinen durch fortgeschrittene Proteomik-Ansätze

• Antragsteller: Professor Dr. Juri Rappsilber
• Fachliche Zuordnung: Stoffwechselphysiologie, Biochemie und Genetik der Mikroorganismen ; Bioinformatik und Theoretische Biologie ; Strukturbiologie ; Zellbiologie
• Förderung: Förderung seit 2020
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 453130481

Wir werden die in unseren Labors entwickelten Proteomikansätze anwenden, um den funktionellen und strukturellen Kontext der in der ersten Phase von SPP2002 neu identifizierten kleinen Proteine von Methanosarcina mazei und Salmonella typhimurium zu entdecken. Mit Hilfe von Protein-Koexpressionsdaten und maschinellem Lernen werden wir kleine Proteine in den Kontext der zellulären Prozesse stellen. Mit Hilfe der Koelutionsanalyse und in der in-Zellen Crosslinking Massenspektrometrie, Methoden, die Protein-Protein-Interaktionen aufzeigen, werden wir einen Detaillierungsgrad erreichen, der es uns erlaubt, ihre Komplexe zu modellieren. Diese Informationen über die zellulären Prozesse und strukturellen Zusammenhänge dieser kleinen Proteine werden die funktionellen Experimente unserer Kooperationspartnern Profs. Schmitz-Streit (M. mazei) und Erhard (S. typhimurium) leiten. Unsere massenspektrometrischen Daten werden offen über ProteomeXchange und unsere Interaktionsdaten über unsere eigenen webbasierten Ressourcen https://www.proteomehd.net/ und https://xiview.org/ und die weit verbreitete https://string-db.org/ (>100.000 Benutzer/Woche) offen zugänglich gemacht.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 2002: Kleine Proteine in Prokaryoten, eine unbekannte Welt