Die Bedeutung von regulatorischen Varianten in Genen die für erblichen Brust- und Eierstockkrebs prädisponieren

• Antragstellerin: Professorin Dr. Doris Steinemann
• Fachliche Zuordnung: Humangenetik
• Förderung: Förderung seit 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 458888638

BRCA1 und BRCA2 spielen eine entscheidende Rolle in der Aufrechterhaltung der genomischen Stabilität indem sie über homologe Rekombination DNA-Doppelstrangbrüche präzise reparieren. Pathogene Loss-of-function Varianten in den hoch penetranten BRCA1- und BRCA2-Genen erhöhen das das Risiko für erblichen Brust- und Eierstockkrebs (HBOC) dramatisch. Nach umfangreicher genetischer Diagnostik bleiben allerdings etwa 50% der HBOC-Fälle genetisch unaufgeklärt. Da intronische Bereiche bisher vernachlässigt wurden gehen wir davon aus, dass alternative Spleiß-Mechanismen zum Funktionsverlust von BRCA1/2 führen und einen Teil zum erblichen Risiko für HBOC beitragen. Wir wollen daher WGS in Diagnose-negativen Patienten einer selektierten Kohorte durchführen um pathogene (tief) intronische Varinaten zu identifizieren, die zu alternativen Spleißen und in Folge einem Funktionsverlust von BRCA1/2 folgen. Unser Ziel ist es, neu identifizierte intronische Varianten zunächst mit geeigneten bioinformatischen Vorhersageprogrammen in silico zu untersuchen. Patienten, die Varianten mit einem hohen Vorhersagewert bzgl. alternativem Spleißen und Expression aufweisen sollen auf Tumorzellebene hinsichtlich einer Defizienz der Homologen Rekombination (HRD) getestet werden. Parallel wollen wir Transkriptom (WTS)-Sequenzierungen an Patienten-spezifischen lymphoblastoiden Zelllinien und/oder Tumorzellen einer entsprechend selektierten Kohorte durchführen, um alternative Transkripte und Expressionslevel zu überprüfen. Die funktionellen Konsequenzen der putativen Spleiß-Varianten werden in vitro mittels Minigene Assays charakterisiert. Mit dem Einsatz von WGS und WTS ist es unser Ziel, mehr Patienten mit einem Risiko für HBOC aufgrund pathogener regulatorischer Varianten in BRCA1/2 zu identifizieren. Die Identifizierung und Klassifizierung neuer pathogener Varianten ermöglicht gezielte therapeutische Optionen und Präventionen dieser Tumore.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortlich(e): Professorin Dr. Monika Mariola Golas