Z-Projekt - Bacteriophagen Repositorium, Services und Databank

• Antragsteller: Dr. Johannes Wittmann
• Fachliche Zuordnung: Virologie ; Stoffwechselphysiologie, Biochemie und Genetik der Mikroorganismen
• Förderung: Förderung seit 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 465136285

Unter der Leitung des Leibniz-Instituts DSMZ und aufbauend auf dessen Expertise und bisherigen Arbeiten wird das Z-Projekt ein dediziertes, maßgeschneidertes Dienstleistungsportfolio über die drei Projektbereiche (PAs) des SPP, Viral Cell Biology (PA A), Unicellular and Multicellular Anti-viral Defenses(PA B) und Viral Impact on Multispecies Microbial Communities (PA C) für die beteiligten Forschungsprojekte bereitstellen. Dies umfasst die Unterstützung durch das Angebot von State-of-the-Art-Methoden für alle relevanten Aspekte der Biologie prokaryotischer Viren, die langfristige Konservierung, Qualitätskontrolle und Verteilung der isolierten Bakteriophagen und prokaryotischen Wirte sowie der zugehörigen Daten. Das Portfolio des Z-Projekts umfasst somit: - Isolierung von Bakteriophagen gegen Bakterien von Interesse, z. B. Streptomyceten, Staphylococcus-Spezies oder Cyanobakterien; - Isolierung von Viren und Wirtsbakterien/-archaeen, die durch metagenomische Untersuchungen komplexer mikrobieller Gemeinschaften identifiziert wurden; - die nachhaltige Hinterlegung und Bereitstellung neuer Bakteriophagen und ihrer Wirtsstämme in allen PAs; - Klassifizierung von Phagen und Unterstützung der Nomenklatur durch ein verbessertes Klassifizierungssystem, Bestimmung der evolutionär verwandten Phagengruppen - Bestimmung von Bakteriophagen-Wirtsbereichen und relevanten Parametern, d.h. Kinetik der Phagenreplikation und Wirtszelllyse, Latenzzeit, Wurfgröße - Analyse der Morphologie der Phagen mittels Transmissionselektronenmikroskopie; - Long-Read-Sequenzierung von Phagengenomen und entsprechende bioinformatische Analysen; - Pflege und gezielte Weiterentwicklung von PhageDive (PhageDive), das alle relevanten Aspekte der Bakteriophagenbiologie mit spezifischen Datenfeldern abdeckt. PhageDive verwendet ein kontrolliertes Vokabular und verfügt über umfangreiche Suchfunktionen, die nach den spezifischen Bedürfnissen der SPP-Mitgliedsprojekte programmiert wurden. Die aktuelle Version wird regelmäßig aktualisiert und weitere Daten von weiteren Forschungsgruppen sowie Datenfelder wie für Rezeptoren oder transkriptomische Daten werden implementiert.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 2330: Neue Konzepte der Virus-Wirt Interaktion in Prokaryoten – von Einzelzellen zu mikrobiellen Gemeinschaften