Genomische Untersuchung von zirkulierenden Biomarkern und passenden Primärtumoren bei Brustkrebspatientinnen.

• Antragsteller: Dr. Zbigniew Czyz, Ph.D.
• Fachliche Zuordnung: Gynäkologie und Geburtshilfe ; Hämatologie, Onkologie
• Förderung: Förderung seit 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 465250727

Trotz bedeutender Fortschritte in der Entwicklung der Therapiemaßnahmen ist die Prognose für die Patientinnen mit luminalem B, HER2-überexprimierendem und dreifach negativem Brustkrebs (TNBC) nach wie vor schlecht. Genetische Instabilität sowie primäre und erworbene Resistenz gelten als hochrelevante Ursachen für das Therapieversagen. Die Identifizierung von Treiber-Mutationen in Primärtumoren kann potenzielle Therapieziele aufzeigen, die eine Anpassung und Personalisierung der Behandlung ermöglichen. Gegenwärtig basieren Therapieentscheidungen auf den Merkmalen der Primärtumore (PT). Dabei werden Mutationen ignoriert, die während der Behandlung oder in systemisch gestreuten Tumorzellen entstanden sind. Da der genetische Hintergrund der Patienten einen wichtigen Einfluss auf das Ergebnis der Behandlung haben kann, werden wir zusätzlich die Keimbahn-DNA der Patientinnen auf das Vorhandensein der von pharmakogenetischen (PGx) Markern (Sequenzpolymorphismen, die als Modifikatoren des Arzneimittelstoffwechsels annotiert sind) testen. Ziel des Projekts ist also PT, Keimbahnproben, sowie entsprechende zirkulierenden Tumorzellen (CTCs) und zirkulierende Tumor-DNA (ctDNA) umfassend auf das Vorhandensein von klinisch relevanter genetischer Veränderungen zu analysieren.Wir wollen die Hypothese untersuchen, dass ctDNA/CTCs akkurate Informationen über eine therapiebedingte Selektion klinisch relevanter Mutationen liefern können. Die Analyse von CTC ist aufgrund ihrer phänotypischen Vielfalt sehr anspruchsvoll. Das Vorhandensein von CTC mit einem mesenchymalen Phänotyp, der von konventionellen Nachweismethoden oft übersehen wird, ist mit einem aggressiven Krankheitsverlauf bei Patientinnen im Frühstadium als auch bei metastasiertem Brustkrebs verbunden. Um den klinischen Wert von CTC für die Therapieauswahl beurteilen zu können, werden wir genetische Veränderungen in PT sowie in den entsprechenden epithelialen und mesenchymalen CTC bestimmen. Zu diesem Zweck werden wir die von uns entwickelte Methode zur Isolierung von epithelialen und mesenchymalen CTC verwenden. Anschließend, werden wir die von FDA zugelassene MSK-IMPACT Methode einsetzen, um klinisch-relevante Mutationen in CTC vor und nach der Behandlung und in den unbehandelten PTs zu identifizieren. Dabei wird die IMPACT-Methode modifiziert, um den Nachweis von PGx-Keimbahnvarianten zu ermöglichen. Die Mutationen, die im Verlauf der Analyse der PT, CTC und den entsprechenden Keimbahnproben identifiziert werden, sollen anschließend Sequenzierungs-Assays etablieren helfen, mit denen gezielt nach patientenspezifischen Mutationen in der ctDNA in der Nachsorge gefahndet werden kann. Zusammenfassend soll der molekulare Vergleich des loco-regionalen Tumors mit den systemisch gestreuten Tumorzellen Marker und Mechanismen aufdecken, die mit dem klinischen Verlauf der systemischen Tumorprogression und dem Ansprechen auf die Therapie verbunden sind.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Internationaler Bezug: Polen
• Partnerorganisation: Narodowe Centrum Nauki (NCN)
• Kooperationspartnerin: Dr. Aleksandra Markiewicz