Hochauflösendes Hybrid-Massenspektrometer mit nanoLC für versatile Proteom Analysen

• Fachliche Zuordnung: Pflanzenwissenschaften
• Förderung: Förderung in 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 469950637

In den letzten Jahren sind verbesserte massenspektrometrische Methoden zur Proteom-weiten quantitativen Analyse von Proteinprofilen verfügbar geworden. Mit diesen Methoden können nicht nur Veränderungen in der Proteinabundanz, sondern auch andere physikalisch-chemische Eigenschaften, Veränderungen durch posttranslationale Modifikationen, Komplexbildung, Re-Lokalisierung und verschiedene andere zelluläre Prozesse untersucht werden. Dies ermöglicht eine globale Profilerstellung und den Vergleich des gesamten Proteoms unter verschiedenen physiologischen Zuständen eines Organismus oder Gewebes. Ein besonderer Schwerpunkt unserer Forschung liegt in der Aufklärung und dem Zusammenspiel verschiedener posttranslationaler Modifikationen von Proteinen wie der Ac(et)ylierung, Phosphorylierung und Glykosylierung in Pflanzen. Die hochauflösende Massenspektrometrie ist zur präzisen Identifizierung einer bestimmten Peptidmodifikation essentiell. Zur Identifikation und Quantifizierung von chemisch modifizierten, als auch Multiplex- und chemisch quervernetzter Peptide müssen die Peptidproben über eine Umkehrphasen Nano-Flüssigchromatographie und über eine asymmetrische Hochfeld-Wellenform-Ionenmobilität Spektrometrie aufgetrennt werden. Nach der Elektrospray-Ionisierung müssen die Vorläuferionen über einen Quadrupol selektiert werden und in verschiedenen Ionenfallen, vor und nach der Fragmentierung mittels CID, HCD oder ETD, vermessen werden. Darüber hinaus ist die MS3-Fragmentierung für eine exakte Proteinquantifizierungen mittels Reporterionen aus multiplexen Peptidproben, sowie zur Identifizierung von chemisch quervernetzter Dipeptide äußerst vorteilhaft. Für große, intakte Peptide, Proteine und Komplexomprofile ist zusätzlich ein hoher Massenbereich erforderlich.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: Hochauflösendes Hybrid-Massenspektrometer mit nanoLC für versatile Proteom Analysen
• Gerätegruppe: 1700 Massenspektrometer
• Antragstellende Institution: Universität Münster
• Leiterin: Professorin Dr. Iris Finkemeier