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Projekt
Die Rolle von RNA-bindenden Proteinen in der Regulation der Transkription bei einer HSV 1 Infektion in Zellen und Organoiden
Antragsteller
Professor Dr. Markus Landthaler
Fachliche Zuordnung
Virologie
Förderung
Förderung seit 2021
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 443644894
Im Zellkern replizierende Viren wie Herpesviren, Polyomaviren oder Adenoviren beeinflussen den zellulären RNA-Metabolismus. Zunächst muss die virale RNA transkribiert werden. Darüber hinaus führt die zelluläre antivirale Antwort zu transkriptionellen und post-transkriptionellen Veränderungen der Wirtsgenexpression. In den letzten zehn Jahren wurde gezeigt, dass RNA-Moleküle nicht nur ein passives Transkriptionsprodukt sind, sondern die Genexpression auf vielfältige Weise, beispielsweise über enhancer-assoziierte RNAs oder Transkriptionsfaktor-assoziierte nicht-kodierende RNAs, regulieren. Alle diese Effekte werden durch RNA-bindende Proteine (RBPs) vermittelt, die dadurch eine Schlüsselrolle bei der Regulation der Transkription einnehmen. Dementsprechend sind sowohl zelluläre als auch virale RBPs in der Transktiptionsregulation bei Virusinfektionen involviert. Zum Beispiel sind viele Interferon-stimulierte Gene (ISGs), wie Proteine der IFIT- und OAS-Familie, RNA-Helikasen, oder splicing-assoziierte Proteine, RBPs. Wir nehmen daher an, dass RBPs wichtige Modulatoren der viralen Transkription, sowie der Transkription des antiviralen Programms des Wirts sind. Innerhalb des ersten Förderzeitraums werden wir RBPs der Wirtszellen, die eine Rolle bei der HSV-1-Infektion spielen, sowie RBPs, die im viralen Genom codiert sind, mithilfe massenspektrometrischer Methoden identifizieren. Die Bedeutung der identifizierten RBPs für das Fortschreiten der Replikation und Infektion wird mit Depletionsexperimenten in HEK293 Zellen und menschlichen zerebralen Organoiden untersucht. Für ausgewählte zelluläre und virale RBPs werden Zieltranskripte identifiziert und der Einfluss der RBPs auf die Transkription und Chromatinkonformation aufgeklärt.
DFG-Verfahren
Forschungsgruppen
