Der Einsatz von Spatial Transcriptomics zum besseren Verständnis der Tumor-Heterogenität für die Prognose und die Therapieresistenz beim Nierenzellkarzinom

• Antragstellerinnen / Antragsteller: Professor Dr. Matthias Schwab; Dr. Elke Schäffeler
• Fachliche Zuordnung: Reproduktionsmedizin, Urologie ; Pharmakologie
• Förderung: Förderung seit 2022
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 497304248

Obwohl gezielte Therapien einschließlich immuntherapeutischer Strategien bereits zur Behandlung des Nierenzellkarzinoms eingesetzt werden, liegt die 5-Jahres-Überlebensrate bei Patienten mit metastasierender Erkrankung immer noch bei <20%. Darüber hinaus erleiden bis zu 40% der Patienten mit primär lokalisiertem Nierenkarzinom einen Krankheitsrückfall, und Therapieresistenz ist ein Hauptproblem bei der Behandlung. Bei lokalisierten und metastasierten Nierenkarzinomen fehlen zuverlässige prognostische Biomarker für die Patientenstratifizierung basierend auf dem Rezidivrisiko oder dem therapeutischen Ansprechen. Die genetische Intratumor-Heterogenität (ITH) stellt ein Hauptproblem beim Nierenzellkarzinom dar und kann eine Risikoprognose und ein Ansprechen auf die Therapie erschweren. Im vorliegenden Projekt wollen wir die transkriptionelle ITH mittels einer prospektiv gesammelten Studienpopulation von 60 Nierenkarzinom-Patienten in frisch-gefrorenem Tumormaterial aus mindestens 3 Regionen pro Primärtumor untersuchen. Tumormaterial wurde bereits auf genetischer (whole genome Genotypisieriung mittels Microarray, Panel-Sequenzierung) und Gesamttranskriptom-Ebene charakterisiert. Spatial Transcriptomics wird in intakten Gewebekryoschnitten im morphologischen Kontext unter Verwendung der innovativen Visium Spatial Transcriptomics-Technologie (10xGenomics) durchgeführt, die die Färbung von Geweben und nachfolgenden NGS-Analysen umfasst. Spezifische Gensignaturen verschiedener heterogener Geweberegionen, einschließlich Tumor-, Stroma- und Immuninfiltrate sollen durch die Kombination von Histologie und Spatial Transcriptomics identifiziert werden um Tumorprogression und Therapieresistenz beim Nierenkrebs besser zu verstehen. Darüber hinaus wird eine umfassende Analyse von Mutationen in den Tumorarealen berücksichtigt.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen