Neue Software zur Modellierung und Annotation von Genen

• Applicant: Dr. Jürgen Kleffe
• Subject Area: Computer Science
• Term: from 1998 to 2003
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5131984

Zur Vorhersage von Genstruktur in anonymen Sequenzen sind in den letzten Jahren viele Programme entwickelt worden. Sie optimieren die Ähnlichkeit von Elementen vorhergesagter Genstrukturen, Splice-Produkten und übersetzten Proteinsequenzen zu bekannten Einträgen in den Datenbanken und versagen erwartungsgemäß bei Genen in völlig neuen Sequenz-umgebungen und mit neuen Funktionen. Deshalb benötigen wir mehr flexible Software, die die experimentelle Isolation eines Gens dahingehend unterstützt, daß der Anwender die im Programm verwendeten Auswahlkriterien selbst beeinflussen kann. Darüber hinaus ist keines der vorhandenen Programme allein in der Lage, im Einzelfall neue Gene in langen Sequenzen mit ausreichender Sicherheit zu identifizieren. Sequenz-Annotatoren nutzen deshalb möglichst viele verschiedene Programme und kombinieren deren Einsatz zu Gensuchstrategien. Die zu entwickelnde neue Software unterstützt die Annotatoren bei dieser Arbeit und ist geeignet, Gensuchstrategien systematisch zu erforschen.

• DFG Programme: Priority Programmes
• Subproject of: SPP 1063: Informatikmethoden zur Analyse und Interpretation großer genomischer Datenmengen
• Participating Person: Professor Dr. Burghardt Wittig