Analyse von Protein-RNA- und -DNA-Wechselwirkungen in Zellen durch Quervernetzungs-Massenspektrometrie (P04)

• Fachliche Zuordnung: Biochemie
• Förderung: Förderung seit 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 469281184

Die Identifizierung der an Genexpressionsprozessen beteiligten Proteine und Ihrer Interaktionen mit RNA und/oder DNA wird seit langem erforscht. Massenspektrometrische (MS) Ansätze ermöglichen es, solche Proteine nach der Aufreinigung der RNA-/DNA-Komponenten zu identifizieren. In diesem Projekt werden chemische (und auch UV-) Quervernetzung eingesetzt, um das gesamte Spektrum direkter Protein-RNA/DNA-Interaktionen in ausgewählten eukaryontischen Zellsystemen unterschiedlicher Komplexität zu bestimmen: (i) Mitochondrien, ein Beispiel für eine zelluläre Organelle, und (ii) Zellkerne mit ihrem Chromatin- und RNA-Gehalt. Die MS-basierte Analyse von DNA/RNA-bindenden Proteinen inklusive der Computer-gestützten Auswertung der MS-Daten wird dazu in einem einzigen Arbeitsablauf integriert und neue MS-basierten Methoden zur Identifizierung von Protein-Nukleinsäure-Quervernetzungen mittels spezieller Ionenmobilitäts-MS werden entwickelt.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1565: Molekulare Mechanismen und Vernetzung von Prozessen der Genexpression
• Antragstellende Institution: Georg-August-Universität Göttingen
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Henning Urlaub