Ermittlung von Expressionsprofilen aus mykorrhizierten Wurzeln und Entwicklung einer Projekt-Datenbank zur Verknüpfung von EST-Cluster Annotationen mit Expressionsdaten

• Antragsteller: Professor Dr. Alfred Pühler
• Fachliche Zuordnung: Organismische Interaktionen, chemische Ökologie und Mikrobiome pflanzlicher Systeme
• Förderung: Förderung von 2000 bis 2007
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5245484

Im Rahmen des Schwerpunktprogramms "Mykorrhiza" sollen sowohl für den Endo- als auch für den Ektomykorrhizatyp Genomprojekte auf Genexpressionsebene durchgeführt werden. Dafür wurden die Medicago truncatula - Glomus mosseae-Symbiose für die Endomykorrhiza und die Populus tremula x tremuloides - Amanita muscaria-Symbiose für die Ektomykorrhiza als Modell-Interaktionen ausgesucht. Es ist beabsichtigt, mRNA aus mykorrhizierten Wurzeln beider Mykorrhizatypen zu isolieren und daraus cDNAs zu generieren und zu klonieren. Nach Sortierung in pflanzliche und pilzliche cDNAs sollen für beide Mykorrhizatypen insgesamt rund 15.000 nicht redundante cDNA-Sequenzen ermittelt und schätzungsweise 10.000 identifizierte Gensequenzen auf DNA-FilterArrays gebunden werden. Diese Mykorrhiza-Filter-Arrays stehen allen SPP-Projektpartnern für Expressionsuntersuchungen zur Verfügung. Mittels Bioinformatik werden die berücksichtigten Gensequenzen annotiert. Alle Sequenz- und Expressionsdaten werden in einer speziell für den SPP entwickelten Datenbank gespeichert und verarbeitet.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1084: Molekulare Grundlagen der Mykorrhiza-Symbiosen
• Beteiligte Personen: Professor Dr. Helge Küster; Professor Dr. Folker Meyer