P7: Integratives molekulares Verständnis der Epigenetik des Urothelkarzinoms

• Antragstellerin: Professorin Dr. Melanie Börries
• Fachliche Zuordnung: Reproduktionsmedizin, Urologie
• Förderung: Förderung seit 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 493802833

Dieses Projekt wird leistungsstarke Spitzentechnologien auf der Grundlage der Sequenzierung der nächsten Generation einsetzen, um zahlreiche Aspekte des Forschungsprogramms der Forschungsgruppe zu erleichtern, mit dem letztendlichen Ziel, grundlegende Einblicke in die Rolle der dysregulierten Epigenetik bei der Entstehung und dem Fortschreiten von Urothelkarzinomen zu gewinnen. Wir werden für alle Projekte der UcarE-Forschungsgruppe Dienstleistungen im Hinblick auf die Planung, integrative Analyse und Modellierung hochdimensionaler Daten erbringen. Dies beinhaltet die verschiedenen Quellen der hochdimensionalen Daten, die in der Forschungseinheit generiert werden, einschließlich Exome (WES), ATAC-, ChIP-, CUT&RUN, Bulk- und Einzelzell (sc) RNA-Sequenzierung, DNA-Methylierungsanalysen, Interaktom-Proteomik, CRISPR/Cas9 sgRNA Bibliotheks-Screening und Multiplex-Mikroskopie-Analysen. Wir werden nicht nur die bioinformatische Analyse für die einzelnen Projekte durchführen, sondern die Daten auch in einem integrativen Ansatz nutzen, um die Auswirkungen verschiedener Mutationen zu vergleichen und gegenüberzustellen. Auf diese Weise wollen wir biologische Eigenschaften identifizieren, die mit einer veränderten Epigenetik beim Urothelkarzinom der Harnblase in Verbindung stehen, insbesondere solche, die mit der Krebsinvasion und Metastasierung zusammenhängen und die durch Einzelstudien nicht ermittelt werden können. Um die generierten Daten innerhalb der Forschergruppe verfügbar zu machen, werden wir ein webbasiertes Tool entwickeln, das die vorhandenen Datensätze mit den entsprechenden Metadateninformationen anzeigt und integrative Analysen mehrerer komplementärer Datensätze ermöglicht, damit auch Nicht-Bioinformatiker schnell Genexpressions- und Epigenetikinformationen extrahieren und visualisieren können. Ein abschließendes Ziel unserer Arbeit wird es sein, eine RNA-Signatur für das invasive Verhalten von Urothelkarzinomen zu identifizieren und diese mit klinischen Parametern zu integrieren, um den Nutzen dieser Signatur als potenziellen neuen diagnostischen Ansatz zur Vorhersage der Progression von Urothelkarzinomen zu untersuchen.

• DFG-Verfahren: Forschungsgruppen
• Teilprojekt zu: FOR 5476: UcarE - Urothelkarzinom Epigenetik