Nachhaltige Softwarelösungen für zwei weitverbreitete Tools in der Genomforschung

• Antragsteller: Professor Dr. Korbinian Schneeberger
• Fachliche Zuordnung: Genetik und Genomik der Pflanzen
• Förderung: Förderung seit 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 528703105

Die Genomforschung ist grundlegend für medizinische, züchterische und angewandte Evolutionsstudien. Jüngste technologische Fortschritte ermöglichen jetzt eine kosteneffiziente Rekonstruktion von gesamten genomischen Sequenzen. Dies hat der Genomforschung einen erheblichen Schub gegeben, da wir jetzt erstmals die Genome und genomischen Unterschiede zwischen einer Vielzahl von verschiedenen, vollständig rekonstruierten Genomen untersuchen können. Computer-Programme für Genomvergleiche stecken jedoch noch in den Kinderschuhen. Wir haben zwei weit verbreitete Softwaretools entwickelt, syri und plotsr, um strukturelle Unterschiede zwischen genomischen Sequenzen zu identifizieren und zu visualisieren. Beide Tools verfolgen einen einzigartigen Ansatz, bei dem sie in der Tat nicht mit der Suche nach genomischen Unterschieden beginnen, sondern zuerst alle kolinearen Regionen identifizieren. Per Definition sind alle anderen Regionen Strukturvarianten, die so leicht identifiziert werden können und damit genaueste Ergebnisse liefern. In diesem Projekt werden wir Ressourcen entwickeln, um eine nachhaltige Nutzung dieser Tools zu gewährleisten und Rahmenbedingungen für die Weiterentwicklung zu schaffen. Insbesondere schlagen wir vor, eine neue Dokumentation zu entwickeln, den Quellcode auf die aktuellen Standards umzugestalten, Best-Practice-Richtlinien zu erstellen, die Überprüfung des Quellcodes und Qualitätstests zu automatisieren, um eine langfristige Stabilität der Software-Repositories zu erreichen und gleichzeitig Community-Entwicklern die Aktualisierung der Software zu ermöglichen. Schließlich werden wir auch Workflows für die Verwendung von Syri und Plotsr auf öffentlichen Analyseservern wie Galaxy Europe generieren. Wir glauben, dass dieses Projekt sowohl syri als auch plotsr der wissenschaftlichen Gemeinschaft zugänglicher machen und sicherstellen wird, dass sie kontinuierlich gepflegt und weiterentwickelt werden.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortlich: Dr. Manish Goel