Aufbau einer "knowledge graph community" in den biomedizinischen Wissenschaften

• Antragstellerinnen / Antragsteller: Dr. Sebastian Lobentanzer; Dr. Inga Ulusoy
• Fachliche Zuordnung: Medizininformatik und medizinische Bioinformatik
• Förderung: Förderung seit 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 528753569

Viele moderne biomedizinische Methoden basieren auf - oder profitieren von - der Verfügbarkeit von Vorwissen, beispielsweise über Gene, Proteine, oder Krankheiten. "Knowledge Graphs", d.h. Repräsentationen von Vorwissen in maschinenlesbarer Graph-Form, sind zum Quasi-Standard für die Aufbewahrung, Manipulation und das Teilen von biomedizinischem Vorwissen geworden. Wir stellen der biomedizinischen Community seit längerer Zeit eine populäre Ressource zur Verfügung: OmniPath und seine Infrastruktursoftware pypath. Zusätzlich haben wir kürzlich eine Generalisierung des Prinzips "Knowledge Graph-Erstellung" entwickelt, unsere neue Software BioCypher. Mit diesem Projekt wollen wir den Nutzen und die Wiederverwendbarkeit unserer Methoden steigern und aktiv Community-Building unter Entwicklern innerhalb und außerhalb Deutschlands verfolgen. Der Erfolg solcher Software-Lösungen im schnellen wissenschaftlichen Umfeld verlangt ein hohes Maß an Anpassbarkeit. Gleichzeitig erfordert eine Langlebigkeit solcher Projekte die Kultivierung einer aktiven und lebhaften Entwicklergemeinschaft, vor allem in Hinsicht auf die meist limitierte Dauer der Beschäftigung der Entwickler. Unser Antrag soll die Fähigkeit unserer Software-Lösungen sichern, die biomedizinische Wissenschaft auf lange Sicht in ihren Methoden zu unterstützen, den stetig ansteigenden Bedürfnissen zum Trotz. Eine durch die bessere Nutzbarkeit vergrößerte Nutzergemeinschaft soll zur Basis einer selbsterhaltenden Entwickler-Community werden. Wir sind in der einzigartigen Position, eine etablierte und gut genutzte Ressource (OmniPath) mit einem neuartigen, auf Wiederbenutzbarkeit ausgelegten und den FAIR- und TRUST-Prinzipien entsprechenden Framework (BioCpyher) verbinden zu können; dies ermöglicht die breite Verbesserung der Nutzbarkeit und Wiederverwertbarkeit einer Vielzahl von biomedizinischen Ressourcen und Workflows. Verglichen mit der momentanen Landschaft dieser Ressourcen, die alle isoliert und meist wenig wiederverwertbar sind, kann dieses Projekt einen großen Beitrag zur Inklusivität und Produktivität der biomedizinischen Wissenschaftslandschaft leisten.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortlich: Professor Dr.-Ing. Julio Saez-Rodriguez